本论坛在8月13~17日期间仅限等级>=level 4的用户发帖,带来的不便请谅解!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10271|回复 Reply: 52

[综合交流] xeon 8375C ES双路使用感受

[复制链接 Copy URL]

179

帖子

1

威望

1891

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-2-19 14:56:18 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
    我对计算化学一直保持浓厚的兴趣,常在论坛学习。研究生毕业后(研究生期间实验为主),自己终于有机会购买计算机做自己喜欢的研究。对比(Xeon 8275CL双路当时几家报价都在34000左右)和纠结好久后于2021年10月20日在*宝购买一套服务器,配置如下:   CPU Xeon 8375C(步进6,主频2.8G,实测满载3.3G)x 2,
   内存三星ECC 16G(3200 MHz)x 16,
   主板 超微X12DPI-N,
   电源海韵GX 1300W,
   固态PM983 1.92T U.2转PCI,
   散热 猫头鹰4189 U12 x2  搭配NF-A12X25 PWM风扇x4   
   机箱 先马黑洞玻璃侧透版 机箱自带两把12厘米风扇。
   无税价格:36700元  (店家在windows10专业版烤机三天后发货)

   作为新手,买到后自己使用软件满载烤机两天也没有出现问题,就装了centos 8.3系统。接下来,自己将遇到一系列问题与大家分享,避免掉坑里。
(1) 装完系统装vasp 6.1,发现intel 2019 update 1和intel 2020 update 4,在跑大体系是都会出现mpi内存泄漏被localhost杀掉,并且与Intel2019 update 1相比,intel 2020 update 4在同样体系中,计算速度慢了近30%。最后在QQ群求助,解决方法就是换用intel 2018 update1(ifort 18.0.5),后来同时编译vaspsol optcell vtst也能顺利通过,相比xeon 8280双路(centos 7.9, intel 2019 update1,vasp 6.1),满载速度提升在1.5-1.8倍。
(2)cp2k在MD大体系中速度太诱人了,就按照社长博文(http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html)安装cp2k 8.2。采用toolchain结合intel 2018 update1 MKL数据库,gcc, intel mpi并行使用,速度和稳定性最好。另外采用博文(http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html)里面SiC杂化泛函例子,相比较与E5 2696V3双路,计算耗时在3.5倍左右的提升。升级到cp2k 9.1过程中,编译elpa,总是不过,后来发现是elpa脚本默认采用ifort编译会打补丁,注释掉就能顺利编译通过,实测两个版本的速度差别不大,并且在GLOBAL部分不添加PREFERRED_DIAG_LIBRARY SL,也不会出现优化卡住的现象(http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html)。曾经尝试singularity运行cp2k 8.2,总是singularity出现路径报错,后才google才智,可能是centos 8.3系统的问题,新版singularity(换名字了)没有测试。
  (3)  想安装Ambertools来产生拓扑文件,换用各种版本的ambertools编译过程总和intel mpi 冲突,导致cp2k和vasp无法使用,即使相应bashrc部分注释掉也不无法顺利编译。好在社长sobtop博文(http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html)给我找到解决方法,直接安装sobtop就行,功能更强大。结合RESP计算电荷,简单的操作方法给我这样的小白带来福利。
(4)gromacs 2020.8 按照博文(http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html)编译必须采用cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/your/path/,亲测在centos8.1,8.3和8.5都要这样编译,结合-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON这样不容易出现报错,并且编译会自动使用CPU AVX512指令集。
(5)X12DPI-N主板CPU1没有mos散热片,在这个机箱中发现CPU1 mos温度能到100度,甚至105度。CPU2 mos温度满载运行也在90以上,甚至能到97度。可能还是该主板供电设计用料的问题,正在定做散热片。
(6)先马黑洞玻璃侧透机箱对于这种配置需要加装额外的散热风扇,本机箱散热CPU风扇从下往上,其他风扇从前往后吹风。使用一段时间后,发CPU温度在85度左右,又在机箱顶部和机箱后面增加3把NF-A12X25 PWM,此后CPU温度满载稳定在75度左右,很多时候稳定在70度以内。满载噪声稳定40分贝。建议选用追风者614机箱,风道设计也更合理,存储扩展空间大。
(7)CPU功率真是大。满载运行cp2k 9.1  cp2k.popt 760W,g16 830W(g16.c.01 avx2),vasp 6.1 730W。所以选择该配置必须选好电源。要是加装GPU,电源最少1600W。现在Xeon 8375C(300W)正式版价格和ES差距不大,建议正式版。
  以上是本人使用该配置以来的感受,所遇到的问题和挑战在论坛和QQ群都能得到回复和解答,在此万分感谢。作为一名兴趣驱使的计算小白,期待cp2k培训班(希望我有时间参加)。

评分 Rate

参与人数
Participants 5
威望 +1 eV +15 收起 理由
Reason
乐平 + 5 谢谢分享
tkaray + 5 GJ!
静哥哥 + 4 赞!
bblovelp + 1
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

194

帖子

1

威望

1200

eV
积分
1414

Level 4 (黑子)

小屁孩

发表于 Post on 2022-2-20 00:14:16 | 显示全部楼层 Show all
贵了吧,去年10月8375C ES只要6000左右。
另外,gmx啥时候有2020.8了?
- 向着虚无前进 -

179

帖子

1

威望

1891

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-20 09:26:16 | 显示全部楼层 Show all
Entropy.S.I 发表于 2022-2-20 00:14
贵了吧,去年10月8375C ES只要6000左右。
另外,gmx啥时候有2020.8了?

买的时候比较贵。gmx版本2020.6。谢谢提醒

61

帖子

0

威望

528

eV
积分
589

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-2-20 09:27:10 | 显示全部楼层 Show all
ambertools用conda装
  1. conda install ambertools -c conda-forge
复制代码

应该不会有编译问题

179

帖子

1

威望

1891

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-20 09:28:16 | 显示全部楼层 Show all
sylar 发表于 2022-2-20 09:27
ambertools用conda装

应该不会有编译问题

谢谢,我有空就去试一下

1123

帖子

1

威望

2581

eV
积分
3724

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-2-21 11:26:06 | 显示全部楼层 Show all
Entropy.S.I 发表于 2022-2-20 00:14
贵了吧,去年10月8375C ES只要6000左右。
另外,gmx啥时候有2020.8了?

现在正式版也就7000

49

帖子

0

威望

616

eV
积分
665

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-2-21 14:33:52 | 显示全部楼层 Show all
现在淘宝上好多CPU Xeon 8375C ES的步进都是5的,步进6的只看到了1家

39

帖子

0

威望

947

eV
积分
986

Level 4 (黑子)

计算化学爱好者

发表于 Post on 2022-2-21 15:44:52 | 显示全部楼层 Show all
请问下您,您这台机器是放在隔间吗,平常有吹空调还是,噪音如何?我目前用的8273cl*2机器,未来想配个8375想参考下,谢谢您
Change isn't just a slogan. It begins with hard work.

179

帖子

1

威望

1891

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-21 18:54:07 | 显示全部楼层 Show all
bblovelp 发表于 2022-2-21 14:33
现在淘宝上好多CPU Xeon 8375C ES的步进都是5的,步进6的只看到了1家

步进5就没问题,看到有人用了感觉和步进5差不多

179

帖子

1

威望

1891

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-21 18:56:28 | 显示全部楼层 Show all
zx4562430 发表于 2022-2-21 15:44
请问下您,您这台机器是放在隔间吗,平常有吹空调还是,噪音如何?我目前用的8273cl*2机器,未来想配个8375 ...

放在实验室,声音我觉得还行,还是使用正式版吧,TDP低,散热压力小,机箱自带的风扇不行,打算换成猫头鹰风扇。硬盘可以换成P5510 7.68T或者PM983

29

帖子

0

威望

66

eV
积分
95

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-2-21 23:46:47 | 显示全部楼层 Show all
老师,你怎么区分ES版和正式版?ES版cpuz上是怎么显示的啊?

179

帖子

1

威望

1891

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-22 09:35:43 | 显示全部楼层 Show all
StephenCurry 发表于 2022-2-21 23:46
老师,你怎么区分ES版和正式版?ES版cpuz上是怎么显示的啊?

利用CPU-Z测试一下,好像无法区分正显和正式版

64

帖子

0

威望

223

eV
积分
287

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-2-23 11:18:23 | 显示全部楼层 Show all
不好意思,发送消息超过了限制。所以在这里请教下,我目前装的intel2019 update1,和vasp5.4.4,中途也遇到了内存溢出、栈限制等问题,现在都解决了,vasp能正常运行。我不太清楚如果再装intel2018 update4(ifort 18.0.5) 这个版本会不会和目前的vasp版本冲突?

1123

帖子

1

威望

2581

eV
积分
3724

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-2-23 11:23:59 | 显示全部楼层 Show all
wolfli369 发表于 2022-2-22 09:35
利用CPU-Z测试一下,好像无法区分正显和正式版

用hwinfo能显示

29

帖子

0

威望

66

eV
积分
95

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-2-23 11:54:56 | 显示全部楼层 Show all

ES版会有ES字样吗?还是不能识别CPU型号?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-8-15 09:21 , Processed in 0.497931 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list