蛋白加水和离子后，能量最小化后收敛，但是蛋白完全解折叠了。

bingzan · 发表于 Post on 2022-2-22 18:54:18

本帖最后由 bingzan 于 2022-2-23 13:17 编辑

初始的蛋白是由alfa fold预测得到的结构，文件名：pfAgo-ranked_1.pdb
我给这个蛋白加水后，得到system_water_no_ion.pdb，该pdb中，蛋白一切正常，没有解折叠。然后，我用这个命令得到tpr：gmx grompp -f sim_mini_charmm.mdp -p ../system.top -c ../system_water_no_ion.pdb -o system-min -maxwarn 10得到system-min.tpr后，我加上了离子，得到system_water_ion.pdb，这个pdb中蛋白已经解折叠了。（如文件vmd.png）-> 我猜测是gmx grompp这一步出了问题，但是没有报错。
然后，进行能量最小化，命令是：
gmx grompp -f sim_mini_charmm.mdp -p ../system.top -c ../system_water_ion.pdb -o system-min -maxwarn 10
gmx mdrun -deffnm system-min -v -nt 1 -stepout 100 >& log.txt &
得到的system-min.gro也是解折叠的。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-22 21:04:38

明明都提示了Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 2219 steps，怎么不收敛

至于解折叠这种事，没具体初始、最终结构没法说

bingzan · 发表于 Post on 2022-2-22 21:35:33

sobereva 发表于 2022-2-22 21:04
明明都提示了Steepest Descents converged to Fmax < 1000 in 2219 steps，怎么不收敛

至于解折叠这种事 ...

谢谢老师指点，确实是收敛的。我现在还有蛋白解折叠的问题。
加水：gmx editconf -f pfAgo-ranked_1.pdb -o no-water-no-ion-new-box.pdb -c -d 1.0 -bt cubic
gmx solvate -cp no-water-no-ion-new-box.pdb -cs spc216 -o system_water_no_ion.pdb -p system.top
加后一切正常，没有解折叠。
然后grompp命令：gmx grompp -f sim_mini_charmm.mdp -p ../system.top -c ../system_water_no_ion.pdb -o system-min -maxwarn 10 从而得到system-min.tpr，由此可以加离子。
加离子的命令是：gmx genion -s system-min.tpr -neutral -conc 0.150 -o system_water_ion.pdb -p system.top
但是加完离子后的system_water_ion.pdb就全解折叠了。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-22 22:38:03

bingzan 发表于 2022-2-22 21:35
谢谢老师指点，确实是收敛的。我现在还有蛋白解折叠的问题。
加水：gmx editconf -f pfAgo-ranked_1.pdb ...

我不知道你说的解折叠到底指什么
你的这些命令又没做em，又没做动力学，蛋白质的坐标都没受影响，何来解折叠。顶多也就是可视化层面的问题

bingzan · 发表于 Post on 2022-2-23 13:13:36

sobereva 发表于 2022-2-22 22:38
我不知道你说的解折叠到底指什么
你的这些命令又没做em，又没做动力学，蛋白质的坐标都没受影响，何来解 ...

我也是这样想的，所以很疑惑为什么alfa螺旋全部解开了。我上传了wmd.png的文件，可以看到蛋白解折叠了。初始蛋白构象如文件start.png所示。我没法上传pdb，因为文件太大了，不允许上传。

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-2-23 14:17:14

bingzan 发表于 2022-2-23 13:13
我也是这样想的，所以很疑惑为什么alfa螺旋全部解开了。我上传了wmd.png的文件，可以看到蛋白解折叠了。 ...

应该是视图原因。dssp重新判定一下结构。在pymol中，dss all。 vmd没试过

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-23 18:45:42

加水加离子这些不可能改变你的蛋白质结构
如果em之后结构相对于开始出现了严重变形，导致VMD连二级结构都没法正常判断出来，几乎一定是拓扑文件有问题，或者和结构文件不对应。仔细观看em的轨迹，并反复检查拓扑文件合理性

bingzan · 发表于 Post on 2022-2-23 20:29:47

chenbq18 发表于 2022-2-23 14:17
应该是视图原因。dssp重新判定一下结构。在pymol中，dss all。 vmd没试过

谢谢指点！后来我发现是因为拓扑文件和结构文件没有对应

bingzan · 发表于 Post on 2022-2-23 20:30:30

sobereva 发表于 2022-2-23 18:45
加水加离子这些不可能改变你的蛋白质结构
如果em之后结构相对于开始出现了严重变形，导致VMD连二级结构都 ...

谢谢sob老师指点，我后来发现是因为拓扑和结构不对应

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