高斯计算结合能

songkaibuct

大家好，我在用高斯计算结合能的时候，比如Ａ＋Ｂ－－－Ｃ的一个反应，之前我也做过关于分子上做一些分子吸附的列子的练习，就是同样的方法相同的基组优化并计算能量，然后吸附能E=E(C)-E(A)-E(B)得到一个吸附能（一般这样的计算的吸附能没有很强的化学键作用，一般就是用来标准一个分子能不能吸附到另外一个分子上面，或者比较不同分子吸附时候能力的强弱），至于在计算结合能的时候（是不是也是跟计算吸附能是一回事呢？本人新手菜鸟对于很多的概念是不懂），现有一个实验上做出来的结构，A是一个多酸的聚阴离子其电荷是-7，B是一个Pd离子，其背景电荷是+2，他们在形成C的时候得到一个电荷为+5的贵金属多酸，值得一提的是其中的Pd与A上的4个氧原子有很强的化学键的作用，我用计算吸附能的方法进行计算得到40ev，这种结果看起来已经远远的超出了化学键之间的作用，多余这类背景电荷在都不一样的体系使用高斯直接添加背景电荷然后计算其结合能的方法是不是本身就存在问题？或者对于我这样的体系给为老师，师兄们能给我一些意见吗？谢谢大家

sobereva

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sobereva

算吸附能只不过是计算结合能的一个特例罢了，是对于表面与小分子之间的结合而言的，都是ΔE=E(C)-E(A)-E(B)。

你说的背景电荷具体是指什么？Pd离子和背景电荷怎么联系起来？背景电荷是用来在量化计算时表达外界点电荷分布用的。

A和B结合怎么得到电荷为+5的多酸？结合了6个Pb？

对体系描述得不够清楚。

liyuanhe211

读半天才明白想问什么，发之前整理一下语言。

这不就是计算（几根）配位键的键能（BDE），结合能似乎是核反应质子中子之类问题里的叫法。

40eV也太夸张了，你没有任何具体的结构、计算方法、结果，凭空猜很难。方法合理、结构优化之后，应当考虑结构本身的合理性。比如这些粒子肯定都不在真空中，多聚阴离子应当有抗衡阳粒子配着，Pd(II)在溶剂里肯定是个盐，比如PdCl2，肯定是有阴离子和溶剂配位的。想计算出实验上可以测得配位能量肯定都要考虑，有配体解离、有阳离子交换、有去溶剂化（有时要适当用显式溶剂）。

以及 (-7) + (+2) != (+5)

songkaibuct

感谢sob老师的指正，感谢liyuanhe211老师提出的意见，我自己说的不清不楚我顺便把贴出图来把，我做的一个完整的Keggin多酸一对W-O被打破出现空位，实验上和理论上都已经有很多的人做过这种体系，我见过有很多用这种体系用来进行一些小分子（比如N2，H2O）吸附的文献，出于兴趣我就想到为什么实验上可以将Pd放在缺位的Keggin多酸上，我就按照计算小分子吸附能那一套来进行计算，完整的Keggin多酸（不考略抗衡离子）时，我看文献上用GAUSSIAN进行电子结构分析以及优化的时候给的背景电荷是-3，然后一对W-O(钨-氧)被拿掉之后那整个分子的总价态将会是-7，有Pd（PdCl2）进去缺位的Keggin之后是总价态是+5(文献里面计算的就是这种+5价态的Pd取代类型的多酸上吸附N2的例子)，其中这种Ru取代W-O之后Ru已经跟配位的4个O形成很强的化学键，我之后的工作就是跟开始说的一样出现了化合价为-7的缺位Keggin多酸，+2的Pd离子，还有+5的Pd取代类型的多酸，我就用Gaussian中B3lyp，opt+freq，计算下各自的内能，然后相减，看理论上的数据是不是能能够结合上去，后来发现那个大的数据，才有了我的困惑，其实一开始我所想的为题是从能量的角度考虑，Pd怎么可以跑到缺位的Keggin多酸上面去（不知道我说是不是任然让大家不知道我在说什么，谢谢大家的帮助和建议，祝好）