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[综合交流] 结合gentor利用schrodinger python api进行快速二维二面角扫描

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发表于 Post on 2022-3-5 17:10:20 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 wangzhehyd 于 2022-3-5 19:50 编辑

演示分子为ACE-ALA-NME.xyz,结构如下图所示
1.png
ACE-ALA-NME.xyz (829 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2022-3-7 09:58:18 | 显示全部楼层 Show all
为什么3D图中有一片缺口?是没扫到吗?
为什么用schrodinger的opls4?gromacs可以用opls4嘛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 14:00:21 | 显示全部楼层 Show all
greatzdk 发表于 2022-3-7 09:58
为什么3D图中有一片缺口?是没扫到吗?
为什么用schrodinger的opls4?gromacs可以用opls4嘛?

缺口是gentor生成初始构象的时候排除一部分不合理构象导致的
opls4加密的,其他程序应该用不了。

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