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[GROMACS] 请问运行gmx_mmpbsa脚本时报错:无法打开_pid.pdb文件应该如何解决?

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我想计算配体与蛋白的结合自由能,于是用github上的脚本gmx_mmpbsa.sh运行,gromacs版本为2021.1,APBS版本为3.4.0,按李老师博文的内容指定了xtc,tpr,index文件,APBS的路径也改成了自己本地APBS的所在路径,但结果还是出现了以下bug:

!!! WARNING !!!  APBS NOT available !

>> 0. set up environmets and parameters: OK !

>> 1. pre-processe trajectory: OK !

>> 2. generate qrv file: OK !

>> 3. run MM-PBSA calculatons
awk: fatal: cannot open file `_pid.pdb' for reading (No such file or directory)
awk: cmd. line:56: fatal: cannot open file `_pid.pdb' for reading (No such file or directory)


求求各位大佬帮帮新手


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发表于 Post on 2022-3-9 19:51:42 | 只看该作者 Only view this author
强烈建议用这个gmx_mmpbsa,网站上有教程
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/
很可靠的程序,原文已经在https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00645发表

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-5-24 12:43:22 | 只看该作者 Only view this author
应该是你的inde.dex索引文件出问题了,你再重新用em.gro跑一下这个文件

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发表于 Post on 2023-4-20 20:36:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-9 19:51
强烈建议用这个gmx_mmpbsa,网站上有教程
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/
很可靠的程 ...

Sob老师,请问用Amber99SB ILDN力场模拟的轨迹能用gmx_mmpbsa这个工具分析吗?

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发表于 Post on 2023-4-21 03:00:56 | 只看该作者 Only view this author
winn 发表于 2023-4-20 20:36
Sob老师,请问用Amber99SB ILDN力场模拟的轨迹能用gmx_mmpbsa这个工具分析吗?

非常可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-1-31 16:49:34 | 只看该作者 Only view this author
请问你是如何解决的啊?我也遇到了同样的问题

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发表于 Post on 2025-6-12 09:04:56 | 只看该作者 Only view this author
MOI_001 发表于 2024-1-31 16:49
请问你是如何解决的啊?我也遇到了同样的问题

+1,想知道你解决了吗?

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