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[Material Studio] 求助MS导入MOF CIF用sorption模块赋予Qeq电荷时失败

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提示:This periodic system bears a net charge (-4.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. 我的MOF结构有几百个原子,总不能手动输入电荷吧,想请问群主和大神是如何解决的,感谢感谢!

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发表于 Post on 2022-3-17 08:21:05 | 只看该作者 Only view this author
没事别在标题里乱用叹号,别显得那么浮躁,好好看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
这次给你改了,下不为例
这是论坛,不是群,哪来的什么群主
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-17 09:39:37 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-3-25 22:25:45 | 只看该作者 Only view this author
请问问题解决了吗,我也遇到这个问题了,我在raspa中用qeq也会报错。

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发表于 Post on 2022-4-12 01:37:37 | 只看该作者 Only view this author
943436427 发表于 2022-3-25 22:25
请问问题解决了吗,我也遇到这个问题了,我在raspa中用qeq也会报错。

MOF类体系有专门适合的原子电荷,诸如CBAC、I-QEq等,用CP2K算REPEAT电荷也挺好。强烈不建议用QEq,前述方法比用QEq在描述MOF与其它分子的静电相互作用方面会强得多
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发表于 Post on 2023-5-12 14:51:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-12 01:37
MOF类体系有专门适合的原子电荷,诸如CBAC、I-QEq等,用CP2K算REPEAT电荷也挺好。强烈不建议用QEq,前述 ...

请问sob老师,您提到的CBAC和I-QEq原子电荷是用什么软件去计算的呢?这类型的电荷适不适用于做模拟MOF吸附药物分子呢?我的导师希望我用课题组做出来的CD-MOF做一下药物分子吸附与扩散的模拟,但是实验得到的CD-MOF虽然与CCDC里上传的MOF模型的XRD吻合得很好,但是比表面积和孔径都要小很多(CCDC提供模型的文献所用的合成CD-MOF的方法与我课题组所用方法不同),我该如何建立与课题组实验所得的CD-MOF结构相近的模型呢?用XRD反解得到晶格常数与原子坐标是否可行?打扰sob老师了。

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发表于 Post on 2023-5-12 15:43:45 | 只看该作者 Only view this author
我知道AuToFF(可视化力场辅助工具)是可以做这件事情的,AuToFF是鸿之微云(cloud.hzwtech.com)下的一款免费的工具,你可以导入cif文件,然后让它帮你计算需要的QEq电荷

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发表于 Post on 2023-5-12 17:38:26 | 只看该作者 Only view this author
MOFs的小奴隶 发表于 2023-5-12 14:51
请问sob老师,您提到的CBAC和I-QEq原子电荷是用什么软件去计算的呢?这类型的电荷适不适用于做模拟MOF吸 ...

我不知道CD-MOF是什么,如果有晶体结构就用晶体结构模拟
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发表于 Post on 2023-5-13 13:24:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-12 17:38
我不知道CD-MOF是什么,如果有晶体结构就用晶体结构模拟

感谢sob老师回复,晶体结构是有的,问题在于如之前我所说的,CCDC里的MOF模型与实验得到的MOF结构差异很大,要是直接用CCDC里的模型,算出来的结果与实验差别特别大,尤其是我做吸附小分子的模拟时,吸附量高出四五倍,所以我就想是否可以通过XRD反解出实验得到的MOF晶体结构,然后再去做相关的计算。

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发表于 Post on 2023-5-13 16:16:40 | 只看该作者 Only view this author
MOFs的小奴隶 发表于 2023-5-13 13:24
感谢sob老师回复,晶体结构是有的,问题在于如之前我所说的,CCDC里的MOF模型与实验得到的MOF结构差异很 ...

你们实验实际做出来的MOF没法测单晶结构?
如果实际结构和CCDC里的不同,自然没法用于模拟。如果是已知和CCDC里的某种MOF相似,但不完全相同,又没法测单晶结构,那就只能根据实验信息试图估计实际的结构是什么样,然后尝试模拟。
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