求助：跑gromacs，dt稍微大一点就报too many lincs的错

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-3-19 13:23:38

我用gromacs跑一个十几个碳的小分子碳链，一千个分子的系统，用0.002的dt来跑就会报too many lincs的错，用小一点的dt（比如0.0002）就没问题，我认为可能是初始构象不太好，先用小的dt跑个几纳秒再用大的dt，但是发现还是会报错，想问下各位老师这种情况一般是什么原因造成的呀，感谢

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-3-19 16:09:18

基本是top有问题

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-3-20 04:19:00

喵星大佬发表于 2022-3-19 16:09
基本是top有问题

好滴好滴，感谢大佬，我再检查检查

大村驴 · 发表于 Post on 2022-3-22 00:02:47

可以加一个模拟退火缓慢升温。步长0.0002也太小了

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-3-22 02:20:56

大村驴发表于 2022-3-22 00:02
可以加一个模拟退火缓慢升温。步长0.0002也太小了

感谢大佬，模拟退火要怎么做呀，要先跑一段高温的然后再跑低温吗

大村驴 · 发表于 Post on 2022-3-22 15:02:51

FrancisLi 发表于 2022-3-22 02:20
感谢大佬，模拟退火要怎么做呀，要先跑一段高温的然后再跑低温吗

annealing = single ; no, single, periodic
annealing_npoints = 2
annealing_time = 0 100 ;ps
annealing_temp = 0 298.15
举了个例子

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-3-24 03:23:17

大村驴发表于 2022-3-22 15:02
annealing = single ; no, single, periodic
annealing_npoints = 2
annealing_time = 0 100 ;ps

哦哦感谢大佬解答！还有个小问题，模拟退火是为了防止系统卡在局部能量最小点，那这个方法和直接用gromacs的能量最小化有什么区别优劣之分吗，谢谢！

大村驴 · 发表于 Post on 2022-3-27 21:45:38

FrancisLi 发表于 2022-3-24 03:23
哦哦感谢大佬解答！还有个小问题，模拟退火是为了防止系统卡在局部能量最小点，那这个方法和直接用gromac ...

我的理解，你说的这个模拟退火是周期性退火，指让体系反复升温降温，从而跨过局部能垒，来找全局最小值；而直接用em理论上找到的是局部极小值。另外我写的这个退火是用来在模拟前期给体系缓慢升温用的，可以起到防止体系崩溃的作用，虽然关键词也叫annealing，但可能和你说的周期性退火的用途不一样。

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-3-28 01:48:32

大村驴发表于 2022-3-27 21:45
我的理解，你说的这个模拟退火是周期性退火，指让体系反复升温降温，从而跨过局部能垒，来找全局最小值； ...

好的！明白了，感谢大佬解答！

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