使用AMBER和GAFF进行多配体模拟报错【已解决】

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2022-3-19 22:17:01

各位老师好，我想对一个蛋白对接两个配体后的复合物进行MD模拟，现在存在几个问题：
1.处理小分子配体参数的时候应该把两个配体作为一个文件进行处理还是分别进行处理？
2.我分别进行处理加入进topol文件后进行后续步骤经常报错，提示无法能量最小化，原子序号不对应等问题，请问该怎么解决？

ps.我将蛋白和两个配体分别形成复合物并进行模拟时均能正常运行至最后

nianbin · 发表于 Post on 2022-3-20 10:07:37

看看你初始文件中的分子顺序和.top文件中是不是一致，另外检查下你的itp文件中原子顺序和初始结构中是不是一致

jxt · 发表于 Post on 2024-3-22 14:55:40

请问是怎么解决的？我现在也遇到这个问题了

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[GROMACS] 使用AMBER和GAFF进行多配体模拟报错【已解决】