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[GROMACS] 进行grompp,提示OWT4找不到怎么办?

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楼主
  请教一下, 在我的盒子里加了tip4p的水分子,在进行grompp时系统提示OWT4找不到,按照网上的方法添加了
###ffnonbond.itp###

OWT3    8      0.000      0.000     A   0.24889E-02   0.24352E-05
OWT4    8      0.000      0.000     A   0.25519e-02   0.25104e-05
     HW    1      0.000      0.000     A   0.00000E+00   0.00000E+00

###atomtypes.atp###

OWT3  15.99940 ;     TIP3P WATER OXYGEN
OWT4  15.99940 ;     TIP4P WATER OXYGEN   
      HW   1.00800 ;     WATER HYDROGEN
结果又提示IW找不到,怎么办?

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发表于 Post on 2016-3-14 20:31:05 | 只看该作者 Only view this author
你用TIP4P的时候最好用Amber或OPLS力场,这样的话不用做什么修改,nonbonded里面直接就有对应的原子类型。用GROMOS一般都用SPC/E水模型,此时要用TIP3P或TIP4P还得手动往nonbonded里面添加。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-14 21:59:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-14 20:31
你用TIP4P的时候最好用Amber或OPLS力场,这样的话不用做什么修改,nonbonded里面直接就有对应的原子类型。 ...

谢谢老师回复,那我可以在同一个盒子里用不同力场里的原子和水混合么?

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发表于 Post on 2016-3-14 23:39:05 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2016-3-14 21:59
谢谢老师回复,那我可以在同一个盒子里用不同力场里的原子和水混合么?

不建议这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 10:56:28 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-15 15:18:30 | 只看该作者 Only view this author

对了,老师我想问,要是我把tip4p里对应的原子类型的名字换成spec对应的原子类型,可以么?在实际的模拟中会有影响么?

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发表于 Post on 2016-3-15 18:11:35 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2016-3-15 15:18
对了,老师我想问,要是我把tip4p里对应的原子类型的名字换成spec对应的原子类型,可以么?在实际的模拟 ...

你看看tip4p和spce里对应的原子对应的范德华参数是否一样,一样的话还成
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