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[综合交流] 求助,在构建多个相同的有机小分子复合物体系时,小分子坐标相同

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本帖最后由 YMHXY 于 2022-3-24 15:02 编辑

我先使用了社长的ORCA结合Multiwfn计算RESP脚本计算了有机分子的电荷,之后使用tleap同时导入了14个该分子构建复合物,后续正常进行溶剂化和添加抗衡离子。
发现好像这14个小分子是坐标是完全相同,完全叠在一起
想咨询一下,如何构建拓扑才能使这14个化合物处于不同的位置

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发表于 Post on 2022-3-24 14:36:29 | 只看该作者 Only view this author
问题莫名其妙,拓扑文件里又不体现原子坐标

构建复合物结构和antechamber毫无关系,那是建模程序的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 14:56:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 14:36
问题莫名其妙,拓扑文件里又不体现原子坐标

构建复合物结构和antechamber毫无关系,那是建模程序的事

抱歉,问题描述不清。那请问如何生成多个位置不同,但结构相同的配体文件,并完成拓扑构建呢

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发表于 Post on 2022-3-24 14:58:55 | 只看该作者 Only view this author
YMHXY 发表于 2022-3-24 14:56
抱歉,问题描述不清。那请问如何生成多个位置不同,但结构相同的配体文件,并完成拓扑构建呢

推荐用Packmol软件生成

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 15:05:00 | 只看该作者 Only view this author
hdmd 发表于 2022-3-24 14:58
推荐用Packmol软件生成

您好!您的意思是我可以使用packmol软件,利用计算好电荷的小分子mol2文件,构建含有14个该化合物的体系么

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发表于 Post on 2022-3-24 15:08:54 | 只看该作者 Only view this author
YMHXY 发表于 2022-3-24 14:56
抱歉,问题描述不清。那请问如何生成多个位置不同,但结构相同的配体文件,并完成拓扑构建呢

拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事,产生含有14个分子的盒子可以用packmol或者GROMACS自带的gmx insert-molecules甚至自己手动摆
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 15:18:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 15:08
拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事,产生含有14个分子的盒子可以用packmol ...

谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 17:08:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 15:08
拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事,产生含有14个分子的盒子可以用packmol ...

想再请教一下,对于我这个体系使用packmol完成建模后,若想后续要进行模拟,是不是应该再对体系中各个原子的电荷重新进行拟合呢?如果是的话,通过何种方式会比较棒呢?能否将我原本计算的单个小分子的电荷,复制给全部14个分子呢,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-3-24 18:23:12 | 只看该作者 Only view this author
YMHXY 发表于 2022-3-24 15:05
您好!您的意思是我可以使用packmol软件,利用计算好电荷的小分子mol2文件,构建含有14个该化合物的体系 ...

其实这个好多种办法都可以搞定,这里写一种哈
1.利用vmd把mol转成PDB(读入mol,右键导出)
2.下载安装packmol,写packmol in文件(linux vi,windows可以新建个txt写在里面就行)
3.在某个不含中文的路径下把in文件和pdb文件放到一起
4.打开terminal或者windows的cmd(或者powershell win10的话),并进入该文件夹
5.运行命令packmol< [in文件名]

这里附个in文件格式(linux输入vi粘入,windows直接粘到txt里就可以运行):
tolerance 2.0
filetype pdb
output system.pdb

structure [pdb文件名]
  number 14
  inside box 0. 0. 0. 200. 200. 200.0
end structure

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 19:43:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 YMHXY 于 2022-3-24 22:07 编辑
hdmd 发表于 2022-3-24 18:23
其实这个好多种办法都可以搞定,这里写一种哈
1.利用vmd把mol转成PDB(读入mol,右键导出)
2.下载安装 ...

谢谢您!这部分内容我已经搞定了,我发现这样子导出来的pdb,已经没有原子所携带的电荷数据了,是否再需要手动添加呢以及我如何通过导出的复合物pdb文件去构建gromacs需要的top和gro文件呢


我晚上使用sob老师的sobtop软件试了一下
我的单个化合物是可以成果构建top和gro的
但是这个复合物构建的时候,就一直失败,也有可能是我哪里操作不当,第一次做这种体系,不太了解,麻烦您了,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 21:36:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 15:08
拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事,产生含有14个分子的盒子可以用packmol ...

老师好,想在问一下,您的意思是我建模之后,只需要构建单个分子的拓扑文件,和整个体系的gro文件即可么,构建完gro了的话,拓扑是否还需要更改呢

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发表于 Post on 2022-3-24 22:56:32 | 只看该作者 Only view this author
YMHXY 发表于 2022-3-24 19:43
谢谢您!这部分内容我已经搞定了,我发现这样子导出来的pdb,已经没有原子所携带的电荷数据了,是否再需 ...

top不用变吧,把生成的pdb转gro,只要gro里面的原子类型和top对应就行,办法还是挺多的,我是自己写的程序。。。强推python

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发表于 Post on 2022-3-25 08:22:55 | 只看该作者 Only view this author
YMHXY 发表于 2022-3-24 21:36
老师好,想在问一下,您的意思是我建模之后,只需要构建单个分子的拓扑文件,和整个体系的gro文件即可么 ...

前面我就已经明确说过了,产生的itp是对于单个分子而言的,而不是整个复合物

sobtop主页上也明确写了
再顺带一说,有些零基础的GROMACS初学者,居然试图用Sobtop产生整个模拟体系(含一大堆分子)的拓扑文件,然后直接用GROMACS跑,这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高,而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。


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YMHXY 发表于 2022-3-24 19:43
谢谢您!这部分内容我已经搞定了,我发现这样子导出来的pdb,已经没有原子所携带的电荷数据了,是否再需 ...

搞清楚什么文件记录什么信息
pdb里根本就不记录原子电荷
原子电荷是在[moleculetype]里的[atoms]里记录的

你极度缺乏GROMACS基本使用常识
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