计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8059|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] CP2K跑AIMD后轨迹处理求助

[复制链接 Copy URL]

24

帖子

0

威望

233

eV
积分
257

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
cp2k跑AIMD之后的轨迹文件,除了处理常见的RDF,MSD和氢键之外,想要从上万行数据中抓取有效信息,统计其他数据,用python处理的话,需要学习哪些库函数呢?主要是不会删选提取关键数据,numpy,pandas,matplotlib这些库使用过;或者用哪些其他的语言来实现。纯MD小白,希望大家指导一个学习的方向,谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-3-26 18:22:46 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“AIMD结果处理”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2022-3-26 18:24:07 | 只看该作者 Only view this author
说清楚你要提取什么数据
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

233

eV
积分
257

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-26 18:46:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-26 18:24
说清楚你要提取什么数据

好的,老师,主要是提取原子坐标和能量。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-3-26 22:24:02 | 只看该作者 Only view this author
予拥12138 发表于 2022-3-26 18:46
好的,老师,主要是提取原子坐标和能量。

轨迹的坐标在xyz文件里,格式非常简单,会编程而不会提取才奇怪
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

能量根本用不着Python,直接用Linux下的grep命令提取带有特定字符串的行就完了,简单至极,这属于shell脚本就能轻松实现的事。
一些shell脚本编写常识看下文
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

233

eV
积分
257

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-27 08:39:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-26 22:24
轨迹的坐标在xyz文件里,格式非常简单,会编程而不会提取才奇怪
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http:/ ...

好的 谢谢老师,我去学习学习

61

帖子

0

威望

1018

eV
积分
1079

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2023-4-3 20:53:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-26 18:24
说清楚你要提取什么数据

老师,如果想要分析产物演化,该如何提取

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2023-4-4 05:51:02 | 只看该作者 Only view this author
joke122 发表于 2023-4-3 20:53
老师,如果想要分析产物演化,该如何提取

VMD里写脚本,根据片段特征、连接关系判断有什么产物
如果复杂情况,可以借助一些专门的程序,如https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

181

帖子

0

威望

731

eV
积分
912

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2023-4-18 16:29:47 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主,氢键是怎么处理的呢?可以分享下脚本吗?

64

帖子

1

威望

2354

eV
积分
2438

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2023-4-20 20:48:28 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
mdanalysis

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 07:34 , Processed in 0.275355 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list