水合物形成过程的氢键变化计算

wzkchem5

UTM 发表于 2022-3-28 12:22
谢谢老师的回复。我想是不是可以使用gaussian计算一下水合之前和之后的构象的构象能变化以及氢键的能量变 ...

做这个计算当然总是可以算的，但是你必须先证明其他因素（比如水分子的扩散速率、附近其他分子的位阻）对水合速率的影响小于氢键断裂的影响，否则即便你算出来和实验相符，也只能说是碰巧相符，不说明任何问题。
如果要跑动力学的话，建议用gromacs之类的软件，用分子力场跑比较长时间的动力学。从头算动力学虽然准，但是跑不了太长时间，对你的体系而言可能不够

UTM

wzkchem5 发表于 2022-3-28 20:47
做这个计算当然总是可以算的，但是你必须先证明其他因素（比如水分子的扩散速率、附近其他分子的位阻）对 ...

好的好的，太谢谢老师了。