求助小分子与多肽N端共价连接，如何添加非标准残基

YangC · 发表于 Post on 2022-3-28 22:20:19

各位老师好，本人刚接触分子模拟和Gromacs，需要模拟一条N端与小分子共价连接的多肽，结构如图1.我想用amber99sb力场来模拟，由于小分子不可以直接用pdb2gmx，需要添加非标准残基，我现在有两条思路不知哪个是合适的，所以来请教各位老师。

图1.红色圈内为小分子一、首先通过acpype产生小分子（FMC）与一个氨基酸（Gly）（图2）连接的itp文件，另存为rtp文件。用Multiwfn计算小分子的原子电荷并修改rtp文件中相应的电荷。删除不是小分子的原子，但留下与氨基酸的N原子连接的信息（bonds等），修改名字为[ NFMC ]，并保存为NFMC.rtp，放入amber99sb力场文件夹中。

二、首先通过acpype产生小分子（FMC）的拓扑文件，另存为rtp，修改电荷。将小分子（FMC）与aminoacid.rtp中氨基酸（Gly）进行恰当编辑，构建一个连着小分子的氨基酸的rtp文件（NFMCGly.rtp），放入amber99sb力场文件夹中。

提前感谢各位老师的回答！

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-29 11:37:49

构建红框结合甲胺封闭的模型分子，用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生rtp文件（其中原子类型指认成的AMBER），并用Multiwfn计算RESP电荷补充进去（计算时候把COO部分的原子电荷约束成AMBER力场里普通残基的相应的原子电荷，只拟合其余部分的）

然后恰当修改rtp文件，满足AMBER力场的rtp文件的规则。

YangC · 发表于 Post on 2022-3-30 13:51:32

sobereva 发表于 2022-3-29 11:37
构建红框结合甲胺封闭的模型分子，用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生rtp文件（其中原子类型 ...

谢谢老师，下面是用sobtop算出来的rtp的atoms信息，我从amber99sb-lidn力场下的的aminoacid.rtp里根据N端氨基酸的C、O电荷编写Multiwfn的约束文件chgcons.txt，内容如下：
1-28 1
27 0.61230
28 -0.57130
请问老师我这样约束是否正确合理呢？因为发现amber99sb-lidn力场下的的aminoacid.rtp的N端氨基酸的电荷之和为1，所以加了1-28 1.

图1. sobtop生成的rtp

图2.Amber99sb-LIDN立场下amnioacids.rtp中的N端氨基酸C、O电荷

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 01:43:13

YangC 发表于 2022-3-30 13:51
谢谢老师，下面是用sobtop算出来的rtp的atoms信息，我从amber99sb-lidn力场下的的aminoacid.rtp里根据N端 ...

显然不能教条地把N端残基净电荷当成1。
rtp里已有的N端残基电荷为1，那是因为氨基在中性水环境下绝大多数是被质子化的。你的这个残基又不会有这种情况，当然不能约束成1

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