计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 6490|回复 Reply: 27

[辅助/分析程序] 基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

[复制链接 Copy URL]

116

帖子

2

威望

1002

eV
积分
1158

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-3-31 01:42:47 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Kalinite 于 2022-5-25 09:07 编辑

在研究光化学过程时经常需要考察哪些振动模式对重组能起到的明显的贡献,也会需要计算Huang-Rhys因子或Duschinsky矩阵。众所周知,Dushin是常用的分解重组能的辅助程序(http://sobereva.com/330),也支持输出Huang-Rhys因子或Duschinsky矩阵,但是使用时颇不稳健,经常出现各种各样的报错。然而Gaussian实际上本身就支持给出Duschinsky rotation所定义的shift vector以及Duschinsky矩阵,同时也可以输出Huang-Rhys因子,但关键词深藏在FCHT模块中不为人知。一开始使用Dushin时遇到了很多麻烦,后来发现Gaussian这一功能后解放了双手,最近看到有人问Dushin的报错,故这里分享一个平时用的小脚本,可以结合Gaussian FCHT输出处理数据。
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Gaussian版本:Gaussian16 C.01(其他版本可能需要根据具体输出格式改,没调查过);需要机子上安装Python。
用法:python gau_reorg.py output.log(假定运行Python的命令是python)
gau_reorg.py (4.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 102)

评分 Rate

参与人数
Participants 12
威望 +1 eV +51 收起 理由
Reason
Chlorine@Chem + 5 谢谢
wugaxp + 5 赞!
醉翁 + 3 GJ!
Adair + 5 好物!
丁越 + 5 赞!
snljty + 5 不明觉厉
hdhxx123 + 5 不明觉厉
ggdh + 5 精品内容
HuTTy + 5 好物!
sobereva + 1
心向暖阳 + 5 GJ!
Novice + 3 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

4

帖子

0

威望

354

eV
积分
358

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-3-31 14:35:37 | 显示全部楼层 Show all
多谢Kalinite老师!

13

帖子

0

威望

55

eV
积分
68

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-4-20 21:28:08 | 显示全部楼层 Show all
Kalinit老师你好,我参照您的的输入文件计算重组能,但总出现内存错误
  1. Error: segmentation violation
复制代码

末态为基态,优化且做了频率计算
  1. #p opt freq pbe1pbe/6-31g** scrf=(pcm, solvent=toluene)
复制代码

初态为S1激发态,同样做了优化和频率计算
  1. #p opt td(nstates=6) freq=saveNM pbe1pbe/6-31g** scrf=(pcm,solvent=toluene)
复制代码

gaussian版本为g16 C01,想向您请教一下,哪里出了问题?

116

帖子

2

威望

1002

eV
积分
1158

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-20 21:57:01 | 显示全部楼层 Show all
qidong8 发表于 2022-4-20 21:28
Kalinit老师你好,我参照您的的输入文件计算重组能,但总出现内存错误

末态为基态,优化且做了频率计算
...

Error: segmentation violation 不能看出是什么错,可以提供一下输出文件末尾的报错信息看看是什么情况。

13

帖子

0

威望

55

eV
积分
68

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-4-21 16:19:00 | 显示全部楼层 Show all
Kalinite 发表于 2022-4-20 21:57
Error: segmentation violation 不能看出是什么错,可以提供一下输出文件末尾的报错信息看看是什么情况。

log末尾是
  1. Using the following non-standard input for vibronic spectroscopy:
  2. initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
  3. print=matrix=(huangrhys,JK)
  4. Unrecognized value for Spectra: (
  5. Error termination via Lnk1e in /home/liujunyuan/Software/g16/l718.exe at Wed Apr 20 21:19:57 2022.
  6. Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.
  7. Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.9 seconds.
  8. File lengths (MBytes):  RWF=     15 Int=      0 D2E=      0 Chk=     89 Scr=      1
复制代码

116

帖子

2

威望

1002

eV
积分
1158

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-23 02:54:40 | 显示全部楼层 Show all

没见过这个问题,可能和chk有关,可以发邮件给cnhelp问问

116

帖子

2

威望

1002

eV
积分
1158

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-26 13:50:40 | 显示全部楼层 Show all

应该是print=(huangrhys,matrix=JK),之前打错了,抱歉

1188

帖子

5

威望

2758

eV
积分
4046

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-4-26 14:28:17 | 显示全部楼层 Show all
老师您好,我这边用您的方法做测试的时候,还是提示不存在文件。测试用的卢老师那篇博文里吡啶的例子。我把文件传上来了,可以麻烦您抽空看一下么?十分感谢! test_dushin.zip (1.04 MB, 下载次数 Times of downloads: 19)

116

帖子

2

威望

1002

eV
积分
1158

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-26 18:24:09 | 显示全部楼层 Show all
snljty 发表于 2022-4-26 14:28
老师您好,我这边用您的方法做测试的时候,还是提示不存在文件。测试用的卢老师那篇博文里吡啶的例子。我把 ...

你算的是S0-T1之间的,这是自旋禁阻的过程,Gaussian不能给出跃迁偶极,而FCHT中的“HT”需要跃迁偶极导数,因此在读取.chk中相关内容时报错“File operation on non-existent file”。虽然计算Huang-Rhys因子不需要这部分信息,但是Gaussian的这个模块是做光谱的,仍然会试图读取,并不影响Huang-Rhys因子和Duschinsky矩阵的输出。
改成“Freq=(ReadFC,ReadFCHT,FC)”可以正常输出你需要的信息,报的是光谱计算的错误。
FCHT.log (60.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

1188

帖子

5

威望

2758

eV
积分
4046

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-4-26 19:36:20 | 显示全部楼层 Show all
Kalinite 发表于 2022-4-26 18:24
你算的是S0-T1之间的,这是自旋禁阻的过程,Gaussian不能给出跃迁偶极,而FCHT中的“HT”需要跃迁偶极导 ...

收到,谢谢老师!

1

帖子

0

威望

27

eV
积分
28

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-5-2 14:03:43 | 显示全部楼层 Show all
Kalinite老师,您好!
    我最近在做重组能分解。想用您给的python方法进行分解。但是在分解过程中不知道如何运用python读取我已优化好的文件。老师能告知一读取的相应代码吗?谢谢!

116

帖子

2

威望

1002

eV
积分
1158

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-3 02:27:23 | 显示全部楼层 Show all
xyran 发表于 2022-5-2 14:03
Kalinite老师,您好!
    我最近在做重组能分解。想用您给的python方法进行分解。但是在分解过程中不知道 ...

假定你的电脑上运行python的命令是python,输出文件是output.log,那么运行python gau_reorg.py output.log即可。

22

帖子

0

威望

1634

eV
积分
1656

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-5-4 20:23:46 | 显示全部楼层 Show all
很棒的内容,之前接触过一点类似的,现在感觉gaussian还是很多隐藏功能的

105

帖子

0

威望

794

eV
积分
899

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-5-6 21:20:01 | 显示全部楼层 Show all
老师,对于黄昆因子,输出的结果是这样:
==================================================
                     Huang-Rhys Factors
     ==================================================

     Mode num.      1 - Factor:   0.684549D+01
     Mode num.      2 - Factor:   0.103728D-12
     Mode num.      3 - Factor:   0.168417D-15
     Mode num.      4 - Factor:   0.234325D+00
     Mode num.      5 - Factor:   0.137321D+01
     Mode num.      6 - Factor:   0.610608D-01
     Mode num.      7 - Factor:   0.155324D-13
     Mode num.      8 - Factor:   0.135165D+00
     Mode num.      9 - Factor:   0.163153D+00
     Mode num.     10 - Factor:   0.480870D-15
     Mode num.     11 - Factor:   0.235686D-02
     Mode num.     12 - Factor:   0.180464D+00
     Mode num.     13 - Factor:   0.316307D+01
     Mode num.     14 - Factor:   0.474745D-14
     Mode num.     15 - Factor:   0.993685D-15
     Mode num.     16 - Factor:   0.596251D+00
     Mode num.     17 - Factor:   0.203202D-15
     Mode num.     18 - Factor:   0.935426D-18
     Mode num.     19 - Factor:   0.560257D-15
     Mode num.     20 - Factor:   0.165495D+00
     Mode num.     21 - Factor:   0.937353D-16
     Mode num.     22 - Factor:   0.275564D+00
     Mode num.     23 - Factor:   0.177246D-03
     Mode num.     24 - Factor:   0.325253D-15
     Mode num.     25 - Factor:   0.226731D-13
     Mode num.     26 - Factor:   0.507573D-01
     Mode num.     27 - Factor:   0.346544D-02

对于这么多factor,我们该看哪个呢?

谢谢老师。

116

帖子

2

威望

1002

eV
积分
1158

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-7 10:22:30 | 显示全部楼层 Show all
anlancx 发表于 2022-5-6 21:20
老师,对于黄昆因子,输出的结果是这样:
==================================================
         ...

Huang-Rhys因子定义为:S_i = \lambda_i / (h \nu_i)。
一般看振动模式所贡献重组能的大小,即\lambda_i的大小。贡献较大的振动模式往往是与始末态结构变化有一定对应关系的,当然也可能会有多个振动模式都具有比较明显的贡献。虽然由谐振子近似给出的重组能分解结果可能并不合理,因为谐振子模型对势能面近似地不一定好,但相对大小一般还是具有参考意义的。可以参考一下前面几篇文献里的做法。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2023-2-7 02:45 , Processed in 0.471181 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list