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[GROMACS] 求助:末端非标准残基pdb2gmx不能正确识别

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构建了非标准残基【GM1】的charmm36力场的.rtp,但是GM1位于多肽的N端。
1:按照n.tdb的格式定义了GM1的n.tdb。
pdb2gmx -f peptide.pdb -o peptide.gro -ter
N端选择【GM1-NH3+】,
报错:
Fatal error:
Residue 2 named GM1 of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database,
but the atom C used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed .
2:将GM1的.rtp内容手动改为离子化状态,对应修改.pdb。在N端选择时,选None,还是报上面的错。
3:如果把GM1放在肽链中间,除了会产生几个超长错误键,其它正常。

GM1是1位残基,为什么识别为2位。pdb2gmx对末端残基处理的流程是咋样的?

GM1.rtp.png (149.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

GM1.rtp

GM1.rtp

GM1.n.tdb.png (24.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

GM1.n.tdb

GM1.n.tdb

GM1_NH3.rtp.png (100.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

GM1_NH3.rtp

GM1_NH3.rtp

本版积分规则 Credits rule

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