本帖最后由 wsz 于 2022-4-8 02:52 编辑
程序(见附件)及示例文件:「ElectronDensityDifference4DMol3」https://www.aliyundrive.com/s/KbmTSqbBiWm
程序使用的电子密度差的计算公式:
(注:DMol3软件计算的电子密度文件名一般为‘***_density.grd’,以下简称‘grd文件’)
程序有两个输出文件(单位均为‘e-^Å-3’):
***_deformation_density.grd:DMol3格式文件,可以在Analysis中导入查看
***.CHGCAR:VASP的CHGCAR格式文件,可以用VESTA查看
示例文件为一个N掺杂石墨烯,使用两种格式的文件得到的效果图如下(iso=0.03):
程序使用方法介绍:
ElectronDensityDifference4DMol3.m是主函数,需要五个参数:
调用格式:ElectronDensityDifference4DMol3(density_AB, density_A, density_B, POSCAR, output_filename)
参数说明:
density_AB, density_A, density_B分别为体系的总电子密度,及各部分的电子密度(不需要后缀名)
POSCAR:由于grd文件不包括结构信息,需要一个结构文件,VASP的POSCAR格式,可以使用VESTA等软件转换
output_filename:输出文件的文件名(缺省值:'ElectronDensityDifference')
示例文件可以直接在命令行执行以下命令:ElectronDensityDifference4DMol3('CN_density', 'C_density', 'N_density', 'POSCAR', 'CN')
注意程序运行时需要调用以下三个子函数:
import_grd.m:读取grd文件 export_grd.m:导出grd文件 export_CHGCAR.m:导出VASP的CHGCAR格式的文件 另有一个Main.m文件,执行该文件除了给出上述两个输出文件外,还可给出电子密度差的切面图,效果图如下,程序的默认值为c方向的1/2处(可以根据自己感兴趣的位置修改程序)。
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