分享一个基于DMol3计算电子密度差的Matlab程序（原创；未经授权，禁止转载）

11223

你好老师，请问本机跑的为什么没有grd文件

Abdurehim

11223 发表于 2025-4-10 20:51
你好老师，请问本机跑的为什么没有grd文件

grd文件是隐藏文件，你需要显示隐藏文件才能查看。

11223

Abdurehim 发表于 2025-4-11 10:07
grd文件是隐藏文件，你需要显示隐藏文件才能查看。

好的，谢谢老师

1814

老师您好，请问您一下哈，有更详细的操作方法吗？纯小白，不会用

1814

sobereva 发表于 2022-4-8 15:45
顺带一提，Multiwfn也可以直接载入grd文件，之后可以用主功能13的子功能11对当前载入的和另一个grd文件做各 ...

老师您好，我用Multiwfn对Materials Studio中Dmol3模块计算的几个_density.grd文件进行如下运算，想得到差分电荷密度图：
13-11-4（ 13 Process grid data—— 11 Grid data calculation—— 4 Subtract a grid file   i.e. A-B=C）
然后用0（0 Export present grid data to Gaussian-type cube file (.cub)）得到cub文件，
通过Vesta打开cub文件以后，只有单纯的电荷密度，没有原子排布图。请问怎么保留原子排布图，或者把原子排布图加上去呢？

sobereva

1814 发表于 2026-7-15 14:34
老师您好，我用Multiwfn对Materials Studio中Dmol3模块计算的几个_density.grd文件进行如下运算，想得到 ...

这是grd文件的不足，本身不记录原子信息。
可以用下文的做法把Multiwfn导出的电子密度差（不叫差分电荷密度）的cube文件显示成等值面，然后把体系结构的xyz/pdb文件载入VMD并显示出结构
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

1814

sobereva 发表于 2026-7-16 03:25
这是grd文件的不足，本身不记录原子信息。
可以用下文的做法把Multiwfn导出的电子密度差（不叫差分电荷 ...

好的好的，非常感谢老师的指导。
我用的Materials Studio中Dmol3模块的...density.grd文件，进行AB-A-B的远算，原来只是电子密度差，不是差分电荷密度呀。
emmm，老师，那请问现在我有Materials Studio中Dmol3模块的完成计算的数据..._density.grd、..._deformation_density.grd，通过怎样的公式的远算可以得到差分电荷密度呀？继续用Multiwfn的运算达成可以吗？