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[CP2K] CP2K结构优化监控小脚本

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发表于 Post on 2022-4-9 06:14:17 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ma455173220 于 2022-6-15 06:55 编辑

去年由Multiwfn入门CP2K,目前还是个菜鸟一枚。被CP2K的速度和超多功能所惊艳,但是发现GEO_OPT和CELL_OPT不太容易监控,所以参考VASP的grad脚本,自写了个Python脚本,欢迎大家使用。PS:本人也是个Python菜鸟,脚本肯定会有很多不足之处,大佬们可自行优化使用。
脚本使用方法: python3 cp2k-output-analyse.py cp2k.out (注意这里不一定非是cp2k.out,也可以是你的自命名,只要是*.out结尾即可)。脚本输出结果:在当前目录下生成cp2k__data.csv文件。
输出文件说明:第一列为当前结构优化步数(若该行前方有"xx"字样,则表示该结构优化能量上升而非下降,如图一),第二列为结构能量,第三列为结构优化所用SCF步数(若该列前方有"!"符号,则表示该结构优化已达所设最大SCF步数但是SCF并没有达到收敛标准,如图二),第四到第七列为结构优化收敛参数(若为四个"YES",则表示结构优化达到收敛标准),最后一列为结构优化用时。
脚本附加功能:也可画出能量vs.步数图,便于监控能量收敛情况,如图三(Again:Python菜鸟一枚,大家自行优化)。
202204090603516568..png

脚本输出文件cp2k__data.csv

脚本输出文件cp2k__data.csv


能量vs.步数

能量vs.步数




cp2k-output-analyse.py

7.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 143

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发表于 Post on 2022-4-9 09:59:46 | 显示全部楼层 Show all
写一个高斯的把

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发表于 Post on 2022-4-9 10:46:40 | 显示全部楼层 Show all
这脚本不错,nice
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发表于 Post on 2022-4-9 10:51:26 | 显示全部楼层 Show all

tsmonitor  (《Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor》http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html
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发表于 Post on 2022-4-9 11:27:15 | 显示全部楼层 Show all
冰释之川 发表于 2022-4-9 10:51
tsmonitor  (《Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor》http://bbs.keinsci.com/thread-14081- ...

好哒

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发表于 Post on 2022-5-4 14:33:00 | 显示全部楼层 Show all
您好,在运行.py文件后出现如下错误,
***************************************
*** The format of the script: ***
cp2k-output-analyse.py OUTPUT_FILE.out
***************************************

=======================================
In process...
...
Traceback (most recent call last):
  File "cp2k_out_analyse.py", line 150, in <module>
    + "\n" + contents)
NameError: name 'MAX_D' is not defined
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 08:25:25 | 显示全部楼层 Show all
yjb 发表于 2022-5-4 14:33
您好,在运行.py文件后出现如下错误,
***************************************
*** The format of the  ...

发一下你用的output文件呗,我试下

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发表于 Post on 2022-5-11 15:11:36 | 显示全部楼层 Show all
可以弄个python2的吗?
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发表于 Post on 2022-5-12 09:30:02 | 显示全部楼层 Show all
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发表于 Post on 2022-5-12 09:30:39 | 显示全部楼层 Show all
youyno 发表于 2022-5-11 15:11
可以弄个python2的吗?

升级系统,直接用python3不香?

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发表于 Post on 2022-5-12 10:20:53 | 显示全部楼层 Show all
yjb 发表于 2022-5-4 08:33
您好,在运行.py文件后出现如下错误,
***************************************
*** The format of the  ...

可能你的任务不是几何优化(GEO_OPT)或者晶胞优化 (CELL_OPT)。

我用 CP2K 自带的 benchmark/QS/ 目录下的 H2O-256.inp 文件的运行结果(MD 任务)测试了这个脚本,没有检测出不是优化的任务,报错和你的一样。

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发表于 Post on 2022-5-12 10:25:00 | 显示全部楼层 Show all
ma455173220 发表于 2022-5-11 02:25
发一下你用的output文件呗,我试下

这个脚本没有检测出不是几何优化或者晶胞优化的任务。

比如,我用 CP2K 自带的 benchmark/QS/ 目录下的 H2O-256.inp 文件的运行结果(MD 任务)测试了这个脚本。但是,此脚本并没有没有检测出任务不是优化的任务,虽然我看到脚本中有检测任务类型的代码段。

  1.                 if RUN_TYPE == "GEO_OPT":
  2.                     line_added = 25
  3.                 elif RUN_TYPE == "CELL_OPT":
  4.                     line_added = 32
  5.                 else:
  6.                     print("\033[31mERROR:\033[0m This script can only be used for Geometry Optimization results!")
  7.                     sys.exit()
复制代码


所以,运行之后会显示 NameError: name 'MAX_D' is not defined 。这个报错和 6 楼的一样。

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发表于 Post on 2022-5-12 10:26:28 | 显示全部楼层 Show all
挺有趣的项目,我有空了也写一个试试。

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发表于 Post on 2022-5-12 10:52:00 | 显示全部楼层 Show all
乐平 发表于 2022-5-12 10:25
这个脚本没有检测出不是几何优化或者晶胞优化的任务。

比如,我用 CP2K 自带的 benchmark/QS/ 目录下 ...

谢谢老师,我做的是QM/MM MD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-12 15:07:06 | 显示全部楼层 Show all
乐平 发表于 2022-5-12 10:25
这个脚本没有检测出不是几何优化或者晶胞优化的任务。

比如,我用 CP2K 自带的 benchmark/QS/ 目录下 ...

那可能是CP2K版本不同,不同版本有可能输出文件格式不太一样。的确只能用来GEO_OPT和CELL_OPT。话说MD也用不着监控吧...它有自带输出的文件啊

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