CP2K结构优化监控小脚本

thor

ma455173220 发表于 2024-5-6 13:56
我跑了一下你的输入文件，运行脚本没有问题（见附件）。话说这个脚本是用来处理输出文件的cp2k.out，而不 ...

有点奇怪，没有选错，我输出的csv文件只有Done,没有前面的内容，我再看看

ma455173220

小小更新了一下，感觉之前的lines.index(line)好像应该是个BUG，虽然我不清楚为啥没出错，但是以防万一加了一个定位行数的变量line_number，之前如果运行出过错的朋友可以试下新的

fuzanhui

ma455173220 发表于 2024-5-14 08:10
小小更新了一下，感觉之前的lines.index(line)好像应该是个BUG，虽然我不清楚为啥没出错，但是以防万一加了 ...

1.ou (2.39 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2024-5-15 09:41 上传 Uploaded

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上面为.out文件，不知道为什么不能上传，所以改了一下后缀
运行报错
In process...
...
Traceback (most recent call last):
  File "cp2k-output-analyse.py", line 244, in <module>
    main()
  File "cp2k-output-analyse.py", line 228, in main
    process_output_file(output_file)
  File "cp2k-output-analyse.py", line 182, in process_output_file
    + "\n" + contents)
UnboundLocalError: local variable 'MAX_D' referenced before assignment

能否请老师帮忙看一下是什么问题？谢谢

ma455173220

fuzanhui 发表于 2024-5-15 09:43
上面为.out文件，不知道为什么不能上传，所以改了一下后缀
运行报错
In process...

错误的原因是你的这个out文件还没有完成一步结构优化的收敛，MAX_D这个变量是在CP2K完成了一步结构优化收敛后在Information那部分由『Conv. limit for step size』定义的。所以当你的output的SCF还没有收敛成功，结构优化还没有开始运行前，是无法获取MAX_D这个变量，我在cp2k.out前面找了找没找到相应的参数，所以只能在这里才定义了。不过我更新了一下脚本，在脚本遍历文件前先给MAX_D定义了一个默认参数，这样不至于报错了。你可以下载下新脚本试试。

fuzanhui

ma455173220 发表于 2024-5-16 16:39
错误的原因是你的这个out文件还没有完成一步结构优化的收敛，MAX_D这个变量是在CP2K完成了一步结构优化收 ...

可以了，非常感谢老师指导！感谢

LittlePupil

ma455173220 发表于 2024-5-14 08:10
小小更新了一下，感觉之前的lines.index(line)好像应该是个BUG，虽然我不清楚为啥没出错，但是以防万一加了 ...

不算bug, 但这么写逻辑确实有问题，如果中断后重跑的输出重定向到了和中断前相同的文件中，则由于index方法会返回第一个找到的索引，最后读到的还是中断前的“step x”的结果，现在改过后就不会有这个问题了。

936039846

有没有vasp的

ma455173220

936039846 发表于 2024-6-4 10:30
有没有vasp的

VASP有个grad脚本吧，我当初就是参照那个的，但是找不到了...

936039846

ma455173220 发表于 2024-6-8 19:05
VASP有个grad脚本吧，我当初就是参照那个的，但是找不到了...

我也没找到，如果大侠找到啦可不可以发我一份

ma455173220

936039846 发表于 2024-6-11 15:01
我也没找到，如果大侠找到啦可不可以发我一份

分享你一个我自己改写过的吧

936039846

ma455173220 发表于 2024-6-11 16:59
分享你一个我自己改写过的吧

好滴好滴，谢谢大侠

heyapeng

支持，点赞

CohenTang

大佬您好，我使用了这个脚本，但是输出的csv文件没有具体的收敛步数信息，是怎么回事？我用的OT，开启了outer scf，目前Optimization step 为25.
# Job Starting Date: 2024-11-09 13:51:50.798
# Total used time: 0:00:00
# Directory: /root/CP2K calculation/Meiyuanlin/RuCu-cluster
# RUN_TYPE: GEO_OPT
# EPS_SCF: 2.00E-05
# MAX_SCF: 50
# SCF_OPTIMIZER: OT
# OUTER_SCF: TRUE
# GEO_OPTIMIZER: BFGS
# STEP | SCF |    E [a.u.]    |  Delta E  | M_D(0.003) | R_D(0.0015) | M_F(0.00045) | R_F(0.0003) | TIME [s]
# Done!

阿宁

老师您好，感谢分享！我对结构优化完成后输出的cp2k.out使用脚本时出现以下报错，求教该如何解决。
[qxn@Master 1.5]$ python3.9 cp2k-output-analyse.py cp2k.out
=======================================
In process...
...
=======================================
Do you want to plot cycle vs. energy?
(y/n)
y
Traceback (most recent call last):
  File "/home/qxn/cp001/interval/1.5/cp2k-output-analyse.py", line 248, in <module>
    main()
  File "/home/qxn/cp001/interval/1.5/cp2k-output-analyse.py", line 241, in main
    plot_cycle_vs_energy(output_file.split('.out')[0] + "__data.csv")
  File "/home/qxn/cp001/interval/1.5/cp2k-output-analyse.py", line 207, in plot_cycle_vs_energy
    x.append(x[-1] + 1)
IndexError: list index out of range

ma455173220

阿宁 发表于 2024-11-17 11:09
老师您好，感谢分享！我对结构优化完成后输出的cp2k.out使用脚本时出现以下报错，求教该如何解决。
[qxn@M ...

看着好像是最新版的CP2K的输出格式改了？我还没有用过2024.3，有时间我修改一下。之前的版本都是通过'Informations at step'来定位每步的优化信息的，我看了一下你的输出文件格式完全不一样了，我有时间优化一下。如果你自己会python的话，建议你可以自己优化一下82-117行的内容。