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本帖最后由 Elatesan 于 2022-4-10 21:31 编辑
本人一直在做化学反应动力学相关的研究，因此需要涉及到反应速率常数的计算问题。在跟师兄探讨后，师兄强烈推荐使用MESS进行反应速率常数的计算。然而，在搜索本论坛后，我发现很多人都对MESS的下载和安装存在疑问。在经过一番摸索后，本人成功完成了MESS的安装，因此把安装指南整理为本帖。既是为了给其他入门的同学做一个参考，也是为自己做个整理。在之后MESS使用过程中有新的心得体会，我也会继续更新到本帖中来。
首先声明，本人是在【Linux虚拟机】中安装的MESS，因此不敢保证本帖中的安装方式在应用到服务器安装时依然有效。
【以下为安装流程】
1. 配置虚拟机。请参考sob老师的b站视频：https://www.bilibili.com/video/B ... id_from=333.999.0.0
2. 安装anaconda。anaconda能很方便地新建运行环境，管理各种扩展包。强烈推荐安装好anaconda后再安装MESS。网址为：https://www.anaconda.com
3.MESS下载地址：（1）https://tcg.cse.anl.gov/papr/codes/mess.html （2）https://github.com/Auto-Mech/MESS （github有时需要一些独特的上网方式才能正常连接）这两个网址都可以下载MESS，但在github这个网址上给出了详细的安装方式，因此推荐去（2）号网站读一下readme这个安装指南。4.Github中给出了多种安装方式，但由于网络以及版本问题，直接使用readme中的【Direct Installing Using Conda】安装步骤进行安装，经常会遇到版本不匹配/网络原因导致扩展包下载失败的问题（即使设置了镜像源也不太行，有些扩展包镜像源中也没有）。经过一番尝试，本人推荐使用【Building from source using Conda environment for dependencies】中给出的安装方法。首先，要先下载3.（2）网站中的文件内容，解压后会得到MESS-master文件夹。在打开anaconda，运行控制台后，依次输入：
- conda env create -f environment.yml
- conda activate mess-env
- bash /自己的解压路径/MESS-master/debug/build.sh
- . /自己的解压路径/MESS-master/debug/fake-install.sh
在运行完以上命令行后，MESS便可以正常使用了。但值得注意的是，使用这种方法安装完后，每次重新开机都需要重新运行一下fake-install.sh才可以再次使用MESS。若不想每次都重新运行fake-install.sh的话，可以在anaconda控制台中输入：
- conda install -c auto-mech mess
以安装MESS扩展包。该扩展包一般来说可以正常下载安装，不会因为网络问题被屏蔽。
以上为MESS的安装流程，欢迎各位补充内容，希望对各位刚入门的同学有帮助
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发表于 Post on 2022-4-9 20:20:58
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