求助：复现论文中RDF分析时RDF图不出峰且纵坐标差异很大

kurohimx · 发表于 Post on 2022-4-11 19:29:51

最近在复现一篇论文(Jun Tao & Xiaofeng Wang (2019): Theoretical investigation on the interaction mechanism of FOX-7/AP mixed crystals, Molecular Simulation, DOI: 10.1080/08927022.2019.1682143）中的RDF分析时遇到了问题。我的各项参数都尽可能与论文中一样了，但是做出的RDF图与论文里差异很大，请教各位老师这是什么原因呢？作者的计算体系与RDF图和我自己做的图已附上。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-12 00:02:24

如果你当前的结构和论文里的基本没差别，那就是rdf计算时组的选择问题

kurohimx · 发表于 Post on 2022-4-12 00:29:16

sobereva 发表于 2022-4-12 00:02
如果你当前的结构和论文里的基本没差别，那就是rdf计算时组的选择问题

谢谢sob老师。我刚刚接触RDF分析，不太清楚组该如何选择。我在这里是选取FOX-7所有O原子为set1，AP所有H原子为set2，用forcite analysis分析O(FOX-7)周围H(AP)的分布。请问这样设置合理吗？

AaronO_o · 发表于 Post on 2022-4-12 00:50:24

sob老师所说的set选择问题是值得检查的；以下分析假定您的rdf同样是H(AP)-O(FOX-7)，且您与文章同样用了Dreiding力场

文献中的AP被构建为了 NH3--HOClO3的结构，而您的模拟应该是NH4+ -- ClO4-结构。
我不确定Forcite中Dreiding力场会被分配到什么力场和电荷参数，但我怀疑其结果与此有关。即HOClO3中可能被分配了过多正电荷的H与FOX-7中的硝基O产生较强的吸引，形成了这个极高的H(AP)-O(FOX-7)；对构建离子NH4+，其正电荷可能更多的由4个H共享，与硝基间静电相互作用更弱，因此在您的RDF中没有出此峰，而是在2A多点有一个弱的极大值。
可以简单的跑一个NH3--HOClO3结构试试。

kurohimx · 发表于 Post on 2022-4-12 01:25:39

AaronO_o 发表于 2022-4-12 00:50
sob老师所说的set选择问题是值得检查的；以下分析假定您的rdf同样是H(AP)-O(FOX-7)，且您与文章同样用了Dre ...

谢谢您！我竟然没有发现用的AP是不一样的，我换成NH3--HOClO3试试。

AaronO_o · 发表于 Post on 2022-4-12 11:24:32

kurohimx 发表于 2022-4-12 01:25
谢谢您！我竟然没有发现用的AP是不一样的，我换成NH3--HOClO3试试。

说实话、个人不认为NH3-HOClO3会更合理，在晶体中HOClO3应当给出质子吧。作为复现文献我认为是有意义的，但是其结果个人仍然持保留态度。

而且我认为，这篇文献之所以用了Dreiding力场并构建为NH3-HOClO3，是因为MS所用版本过老，没有支持ClO4-离子的力场。
如果您MS中完成计算，可能可以尝试2017之后版本的MS，COMPASSII立场加入了南理Zhu Wei他们开发的AP力场；不过COMPASSII对于Fox-7这种平面分子（以及NQ啊50这些含双键氮的也是），我印象中确实不是很好，也还需要进一步确认一下力场适用性。

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