求助：请问gromacs如何改变体系的密度？

Lisy · 发表于 Post on 2022-4-11 21:02:57

求助：请问gromacs如何查看体系的密度数值？我看文献进行了体系在不同密度下的变温模拟，请问这个不同的密度该如何进行设置？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-11 23:56:29

gmx editconf可以设-scale，对XYZ坐标乘上指定的系数，可以由此达到调节密度的目的
当前质量密度用盒子里总质量除以盒子体积便知

Lisy · 发表于 Post on 2022-4-12 18:55:45

sobereva 发表于 2022-4-11 23:56
gmx editconf可以设-scale，对XYZ坐标乘上指定的系数，可以由此达到调节密度的目的
当前质量密度用盒子里 ...

卢老师，这是只是在初始建模的时候让原子排列地比较稀疏或致密，可是盒子的大小并没有改变。后面跑完NVT,NPT之后不是又变成一开始的密度了吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-12 20:48:02

Lisy 发表于 2022-4-12 18:55
卢老师，这是只是在初始建模的时候让原子排列地比较稀疏或致密，可是盒子的大小并没有改变。后面跑完NVT, ...

NVT不会改变盒子的大小，所以密度也不会变。
NPT会改变盒子的大小以保持压强平衡，如果设置较大的压强，密度自然会变大。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-13 01:35:32

Lisy 发表于 2022-4-12 18:55
卢老师，这是只是在初始建模的时候让原子排列地比较稀疏或致密，可是盒子的大小并没有改变。后面跑完NVT, ...

盒子一起被scale。
既然你想固定密度，之后肯定是NVT而不是NPT

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[GROMACS] 求助：请问gromacs如何改变体系的密度？