求助：请教各位大佬，如何成功安装AMBER20并行版本

Entropy.S.I

试试这个：

robert2005

Entropy.S.I 发表于 2022-4-22 21:32
试试这个：

为什么安装串行版时这里的AMBERHOME是amber20_src,而不是amber20啊？

Entropy.S.I

robert2005 发表于 2022-4-22 23:08
为什么安装串行版时这里的AMBERHOME是amber20_src,而不是amber20啊？

AMBER20安装流程和之前版本不一样，在'amber20_src/'中编译完成的文件在最后install阶段会被复制到与'amber20_src/'路径相同的'amber20/'目录下，相当于把实际要用的部分和源码路径分开了。
图中编译串行版本前先手动添加全局变量'$AMBERHOME'为源码目录，是AMBER官方文档给的操作，我就照做了，没试过不手动添加的情况（我猜不做这一步也没问题）。而在串行版本编译安装完，并加载'amber20/amber.sh'载入AMBER环境后，'$AMBERHOME'会变成'amber20/'，所以后面的'cd $AMBERHOME'操作实际上进入的是'amber20/'目录。

robert2005

Entropy.S.I 发表于 2022-4-23 00:56
AMBER20安装流程和之前版本不一样，在'amber20_src/'中编译完成的文件在最后install阶段会被复制到与'amb ...

你使用的系统里面的GCC版本是？貌似你自己安装了一个MINICONDA，这个里面的PYTHON版本是多少啊？

Entropy.S.I

robert2005 发表于 2022-4-23 02:28
你使用的系统里面的GCC版本是？貌似你自己安装了一个MINICONDA，这个里面的PYTHON版本是多少啊？

Ubuntu 20.04 LTS的GCC版本是9.3.0

没有装conda，直接调用root用户的python环境，用apt install得到的最新版就行。最后一次装是去年12月，py 3.8.10没问题

robert2005

有点疑惑，-DMPI=TRUE  和 -DOPENMP=TRUE有什么区别，我看网上教程无论使用MPICH还是OPENMPI并行一般都只改-DMPI设为TRUE就可以了，看你这里还设了-DOPENMP=TRUE?两个只能设一个？

Entropy.S.I

robert2005 发表于 2022-4-23 14:46
有点疑惑，-DMPI=TRUE  和 -DOPENMP=TRUE有什么区别，我看网上教程无论使用MPICH还是OPENMPI并行一般都只改 ...

OMP不需要像MPI一样事先准备并行库。OMP是给单节点纯CPU并行用的，MPI给单节点并行和多节点并行都能用。对于多节点无GPU或单节点+多GPU或多节点+多GPU的架构，MPI是必须的，OMP可有可无。

所有版本在相同的源码目录下编译，一次只编译一种并行类型，顺序是：串行>OMP>MPI>CUDA。如果用CUDA加速，可以不编译OMP版本；如果用CUDA加速，且对每个任务只需要单节点+单GPU运行，那么MPI版本也可以不编译。

应该优先看官方文档

robert2005

Entropy.S.I 发表于 2022-4-23 15:05
OMP不需要像MPI一样事先准备并行库。OMP是给单节点纯CPU并行用的，MPI给单节点并行和多节点并行都能用。 ...

明白了，非常感谢！

robert2005

在此对各位大佬的帮助表示非常感谢！特别感谢z9527567和Entropy.S.I和Acee和Frozen-Penguin的耐心解答，最终让我明白了为什么之前并行版总是失败。
在这里总结一下，主要原因就是AMBER20默认下载的最新的MINICONDA里面的PYTHON版本是3.9，我认为这个就是AMBER20并行安装当中最大的一个坑，根据我个人经历，只要是这个3.9版本的PYTHON，无论是MINICONDA里面的，还是系统本身自带的，我试过CENTOS7,UBUNTU20.04在做并行版安装的时候最后到BUILD MPI4PY时都会出错，如我之前贴出来的错误,出现这个错误后，并行版安装就会中断，一般是在MAKE INSTALL到21%左右的时候，这一点不改变，后续无论怎么换LINUX系统，换英特尔编译器，换MKL等等，统统没有用！！！因为我都已经挨个试过了，这个试错的过程断断续续花了我一个多月的时间（惭愧！），最后谷歌AMBER官方邮件都没有找到解决方法，只好放弃着急的心态，每天有空的时候就想一想可能的远因，顺便在这里继续求助，终于发现上述几位大佬的提示后，我在CENTOS7和UBUNTU20.04里都试了一下，果然并行成功了。
这里简单记录一下过程，CENTOS7里面默认PYTHON2.7，虽然AMBER官方给出文件说2.X的也支持，可以安装，但是我在RUN_CMAKE里面取消MINICONDA3下载和使用PYTHON3后，按照官方文件安装numpy scipy matplotlib等包时有提示说PYTHON版本太低，有个包没有合适的版本，无法安装，最后导致CMAKE显示失败，无法安装。可能还有些细节我不清楚，总之关于AMBER20安装必须的PYTHON包，有几个没有装上，导致CMAKE失败。
采取的办法就是手动下载PYTHON版本为3.8的MINICONDA，安装，设好环境变量，但是RUN CMAKE时显示识别的还是系统里面的2.7，直接ERROR了，最后在CMakeLists.txt里面找到PYTHON相关路径设置，如PYTHON_EXECUTABLE等改为MINICONDA里面的3.8所在相应路径，然后再运行RUN_CMAKE，就没有说CMAKE INCOMPLETE了，然后make -j4 install ,到21%时也没有卡住，直接通过。至此，在CENTOS7里顺利安装了AMBER20的并行版，编译器用的还是GNU的4.8.5.这样看来编译器版本可能有影响，但是可能不是很大。
UBUNTU20.04系统，因为网上有好几个成功并行版安装教程都是这个系统，所以又按照上述几位大佬的指导，在这个系统里试了一次，因为这个系统本身自带的PYTHON是3.8，GCC是9以上，按照高手指导，这个系统PYTHON完全够用，不用重新下载AMBER20的MINICONDA.在RUN_CMAKE里面只取消了MINICONDA的下载，其他都没有变，当然安装AMBER20之前把系统必须的库用SODU APT INSTALL补全, 系统里PYTHON3.8的包，如NUMPY等用SUDO PIP3补全，按照Entropy.S.I贴出的教程，装串行，然后再装并行，都顺利通过，串行版测试和并行版测试，大部分都PASS。终于成功。
并行版测试结果

串行测试结果

再一次感谢各位大佬的指导！让我学到了很多东西！

robert2005

另外，还有就是，3.9的PYTHON版本不变，换OPENMPI版本（我从4.0.X到4.1.X都试了一遍，没有用），什么版本都没有用，MPICH版本（我也试过了，没有用）也是一样的，无论是最新版还是老版本，也是没有用，都是出一样的错误。提前安装OPENMPI或者MPICH也没有用，这个也试过了，即使设置环境变量指到我安装的路径，还是一样的错误。所以我认为并行安装最大的坑就是3.9的PYTHON，甚至我怀疑网上之前安装并行成功的教程里面，成功的原因是当时最新的MINICONDA版本里面的PYTHON是3.8的版本，所以按照官网教程可以顺利安装并行版。我估计AMBER20发布时（2020.4.31），那时的MINICONDA里面最新的版本就是PYTHON3.8,所以照官网教程安装是没有问题的，后来随着时间推移，新版本的MINICONDA出来了，里面的PYTHON也变为3.9了，这种并行安装问题就比较多了。因此就产生了一个大坑，这个大坑也许会随着AMBER版本更新而消失。

Santz

robert2005 发表于 2022-4-23 17:28
在此对各位大佬的帮助表示非常感谢！特别感谢z9527567和Entropy.S.I和Acee和Frozen-Penguin的耐心解答，最 ...

good job！另一种方法可以不自己安装miniconda3，更换一下run_cmake下载的miniconda为Python3.8版本的也可，重命名为Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。

1. mkdir -p /home/me/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/download
   
2. 
   
3. cd /home/me/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/download
   
4. 
   
5. wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
   
6. 
   
7. mv Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

复制代码

robert2005

Santz 发表于 2022-4-24 08:24
good job！另一种方法可以不自己安装miniconda3，更换一下run_cmake下载的miniconda为Python3.8版本的也 ...

这里我有个疑问，就是刚解压完AMBER和TOOLS后，在build文件夹下是没有CMakeFiles/miniconda/download这个文件夹的，看你是自己建的？这样后续不会出错吧？另外，我认为如果操作系统本身自带的PYTHON版本是3.8的话，就没有必要使用MINICONDA了，用系统自带PYTHON 就可以了。

Santz

robert2005 发表于 2022-4-24 09:01
这里我有个疑问，就是刚解压完AMBER和TOOLS后，在build文件夹下是没有CMakeFiles/miniconda/download这个 ...

测试可行。系统为CentOS Stream release 8， GNU 8.5.0。

2698 file comparisons passed
1 file comparisons failed (1 of which can be ignored)
0 tests experienced errors
Test log file saved as /home/me/apps/amber20/logs/test_at_serial/2022-04-24_09-27-18.log
Test diffs file saved as /home/me/apps/amber20/logs/test_at_serial/2022-04-24_09-27-18.diff

1215 file comparisons passed
2 file comparisons failed (0 of which can be ignored)
1 tests experienced errors
Test log file saved as /home/me/apps/amber20/logs/test_at_parallel/2022-04-24_11-04-50.log
No test diffs to save!

Frozen-Penguin

robert2005 发表于 2022-4-24 09:01
这里我有个疑问，就是刚解压完AMBER和TOOLS后，在build文件夹下是没有CMakeFiles/miniconda/download这个 ...

如果不做上述操作，安装过程中会建一个同样的目录，然后把miniconda的安装文件下载到那个目录下，如果检测到有安装文件就不会下载，所以不会出问题。如果用系统自带的python需要在安装amber之前先安装好amber需要的各种东西，如果有版本不对等情况可能会安装失败，所以默认用miniconda安装。

robert2005

学习了，多谢！