计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5846|回复 Reply: 14
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] BOMD计算水杨酸激发态质子转移的问题

[复制链接 Copy URL]

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

想学习BOMD如何计算质子转移过程,以最简单的水杨酸分子为例,势能曲线扫面给出ESIPT反应的能垒0.18 Kcal/mol,又用TS法扫描了过渡态,并以此为初始结构开始跑BOMD,但是结果显示并未发生质子转移反应。想要像文献中写的那样随机产生25个Traj,然后计算发生质子转移的比率,请问BOMD可以完成吗?希望各位老师批评指正!

2022-04-16_163720.png (37.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

2022-04-16_163720.png

2022-04-16_163840.png (159.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

2022-04-16_163840.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-4-17 03:23:50 | 只看该作者 Only view this author
PM7结合TD算ESIPT,结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全可行,也不会糟什么质疑,还比Gaussian的BOMD好使得多、有像样的热浴
基本使用看
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html

即便你只对S1感兴趣也不能用nstates=1,下文明确说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“BOMD计算质子转移”改了,以后务必注意


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 07:23:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:23
PM7结合TD算ESIPT,结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全 ...

好的 谢谢Sob老师

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 08:11:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:23
PM7结合TD算ESIPT,结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全 ...

那Sob老师 我的输入文件是用过渡态结构还是Enol或Keto结构呢

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 13:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:23
PM7结合TD算ESIPT,结果100%糟内行质疑

ORCA在TD-PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下跑此体系的短时间AIMD完全 ...

老师我还有个问题 如果我想跑S1态 怎么在inp文件里表明要跑的是激发态动力学呢

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-4-17 14:19:22 | 只看该作者 Only view this author
天天121 发表于 2022-4-17 01:11
那Sob老师 我的输入文件是用过渡态结构还是Enol或Keto结构呢

都行,因为跑MD的要求就是你跑出来的结果必须可以认为和初始结构无关,如果初始结构会影响MD结果,说明MD跑的时间不够长
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2022-4-17 14:20:58 | 只看该作者 Only view this author
天天121 发表于 2022-4-17 06:15
老师我还有个问题 如果我想跑S1态 怎么在inp文件里表明要跑的是激发态动力学呢

按照TDDFT结构优化的写法来写,然后加MD关键词以及%md输入块里的各种参数
https://sites.google.com/site/or ... -calculations/tddft
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 16:20:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-17 14:20
按照TDDFT结构优化的写法来写,然后加MD关键词以及%md输入块里的各种参数
https://sites.google.com/sit ...

老师您好又见面了 我现在是根据Sob老师的博文 优化了激发态的结构又用Multiwfn软件生成了inp文件 不知道跑的是不是激发态的 但我inp文件里是激发态优化后的几何结构

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2022-4-17 16:36:08 | 只看该作者 Only view this author
天天121 发表于 2022-4-17 09:20
老师您好又见面了 我现在是根据Sob老师的博文 优化了激发态的结构又用Multiwfn软件生成了inp文件 不知道 ...

inp文件是否跑的是激发态MD,和初始结构是不是用激发态优化的无关。
用Multiwfn产生的输入文件必须手动检查,看是否是用来做你需要的计算的,不能不经检查就跑
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 16:41:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 天天121 于 2022-4-17 16:45 编辑
wzkchem5 发表于 2022-4-17 16:36
inp文件是否跑的是激发态MD,和初始结构是不是用激发态优化的无关。
用Multiwfn产生的输入文件必须手动 ...

老师您看一下这是我的输入文件 在哪里加激发态的相关信息呢

2022-04-17_164421.png (105.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

2022-04-17_164421.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2022-4-17 22:28:41 | 只看该作者 Only view this author
天天121 发表于 2022-4-17 16:41
老师您看一下这是我的输入文件 在哪里加激发态的相关信息呢

这明显是算基态的,都没体现出理论方法算的是激发态
Multiwfn产生ORCA输入文件的界面里只有当你把任务类型设成跑MD,再选择算激发态的级别,才可能对激发态做MD

Multiwfn界面上直接提供的各个计算级别特点是什么、哪些是算激发态的,下文都有明确说明
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-18 10:32:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 22:28
这明显是算基态的,都没体现出理论方法算的是激发态
Multiwfn产生ORCA输入文件的界面里只有当你把任务类 ...

谢谢Sob老师和楼上老师的指导 已经跑出来了

178

帖子

3

威望

1916

eV
积分
2154

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2022-5-18 22:54:54 | 只看该作者 Only view this author
如果非要用Gaussian做BOMD,要用iop(1/44=xxxxxx)取随机数。不过25条轨迹未免少了点吧,要预测比例的话还是要更多一点,毕竟这个体系也很小,计算不很耗时。

145

帖子

0

威望

1380

eV
积分
1525

Level 5 (御坂)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-19 08:19:50 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2022-5-18 22:54
如果非要用Gaussian做BOMD,要用iop(1/44=xxxxxx)取随机数。不过25条轨迹未免少了点吧,要预测比例的话还是 ...

谢谢老师 已经改成ORCA了 还是ORCA方便一点

5

帖子

0

威望

61

eV
积分
66

Level 2 能力者

15#
发表于 Post on 2025-10-10 18:32:22 | 只看该作者 Only view this author
天天121 发表于 2022-5-19 08:19
谢谢老师 已经改成ORCA了 还是ORCA方便一点

哥,输入文件还在吗,我算的老出错

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 11:17 , Processed in 1.096958 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list