.mdp文件deform剪切盒子变形问题

屯长 · 发表于 Post on 2022-4-17 10:44:51

我想用.mdp文件中的deform 命令实现沿x方向的剪切，但是模拟结束后盒子变形了，盒子里面的分子没有动。有大佬知道是什么原因吗？
利用VMD查看了盒子分子的轨迹也是没有实现剪切效果。

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-17 11:11:05

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-17 23:37 编辑

好像较新版本的gromacs模拟输出gro文件时会根据周期性边界条件进行处理，把所有分子放进长方体盒子里（但是不会修改盒子信息）。这些分子可能已经移动了，但是因为做了处理，所以看起来还是长方体。在VMD里面用pbc wrap命令，可以把体系都放进原来的盒子里（可能会出现一些跨越盒子的键）。

屯长 · 发表于 Post on 2022-4-17 23:14:50

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 11:11
好像较新版本的gromacs模拟输出gro文件时会根据周期性边界条件进行处理，把所有分子放进长方体盒子里（但是 ...

多谢指点，问题已解决

tangwenke · 发表于 Post on 6 day ago

你好请问你的应力是怎么选择的

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[GROMACS] .mdp文件deform剪切盒子变形问题