DNA用gromacs生成拓扑文件报错

Jetsan

pdb文件是7MI4

力场选用的AMBER99SB force field with ParmBSC0 nucleic acid parameters
报错：Fatal error:
Atom P in residue DG 1 was not found in rtp entry DG5 with 31 atoms
while sorting atoms.

谢谢

Frozen-Penguin

删掉pdb中5'端的磷酸基团

Jetsan

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 16:43
删掉pdb中5'端的磷酸基团

谢谢

Jetsan

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-17 16:43
删掉pdb中5'端的磷酸基团

麻烦问一下，你一般5’端的磷酸基团怎么删的，刚刚接触，弄得总有问题

Frozen-Penguin

Jetsan 发表于 2022-4-19 17:57
麻烦问一下，你一般5’端的磷酸基团怎么删的，刚刚接触，弄得总有问题

打开力场文件目录下面的dna.rtp，找到[ DG5 ]下面的[ atoms ]，里面没有出现的原子要在pdb文件中删除。
一般要删掉的是P OP1 OP2 OP3这几个原子，整行删掉就可以了。

暖身贴

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-19 19:09
打开力场文件目录下面的dna.rtp，找到[ DG5 ]下面的[ atoms ]，里面没有出现的原子要在pdb文件中删除。
...

Atom P in residue G 2 was not found in rtp entry RG5 with 32 atoms
while sorting atoms.
想请问一下我这个报错怎么改呢，用的amber99力场，刚刚看了，我的力场文件中rtp没有[RG5]

Frozen-Penguin

暖身贴 发表于 2024-12-2 17:36
Atom P in residue G 2 was not found in rtp entry RG5 with 32 atoms
while sorting atoms.
想请问一 ...

这个是RNA的残基，所以应该在rna.rtp中，而不是氨基酸的aminoacids.rtp中。
出现这个报错是因为RNA的5'端的残基在分子力场参数中没有磷酸基团，但是结构文件中有，参考rtp文件删掉多余的原子就好了。