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[Multiwfn资源与经验] 使用CMD批处理对IRI/RDG/AIM的输出文件进行批量计算

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发表于 Post on 2022-4-21 09:51:35 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 liustone 于 2022-4-21 09:52 编辑

本人最近在做大批量的小分子的双分子体系的弱相互作用探究,使用IRI和AIM进行弱相互作用展示,需要绘制五十个体系的IRI~ρ(r)、IRI~sign(λ2)及IRI图,因此需要大批量的计算和输出output.txt文件及func1.cub、func2.cub,通过学习sob老师所做的《详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法》(http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html),尝试并达到了批处理计算并导出IRI/RDG/AIM输出文件的操作,这里与大家进行交流并相互学习。
首先,在带有Multiwfn和setting.ini文件的目录下拷贝进需要处理的所有输入文件如*.wfn、*.fchk等,本人以.fchk文件为例,可以新建.txt文件添加指令后改名为bat文件后运行,也可以新建.bat文件使用notepad等软件进行读取并编辑,我以notepad编辑为例,在新建的IRI.bat文件中添加如下指令:
for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (
Multiwfn %%i < IRI.txt > NUL
move /Y output.txt %%~ni_s.txt
move /Y %%~ni_s.txt "C:\Users\Desktop\RDG\%%~ni"
move /Y func1.cub "C:\Users\Desktop\RDG\%%~ni"
move /Y func2.cub "C:\Users\Desktop\RDG\%%~ni"
)

其中,第一行 for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do ( —> 可以读出当前目录下所有需要运行的输入文件,并进行循环操作;
第二行 Multiwfn %%i < IRI.txt > NUL —> 按照IRI.txt中的指令进行IRI~sign(λ2)函数处理及输出
第三行 move /Y output.txt %%~ni_s.txt  —> 将对应的输出文件output.txt重命名为相应的*.txt
第四至六行 move /Y %%~ni_s.txt "C:\Users\Desktop\RDG\%%~ni"
                 move /Y func1.cub "C:\Users\Desktop\RDG\%%~ni"
                 move /Y func2.cub "C:\Users\Desktop\RDG\%%~ni" —> 将输出文件分别移动至目标文件夹

其次是IRI的运行命令文件夹IRI.txt,这里仅以运算并输出IRI~~sign(λ2)文件为例,上述目录下新建文档命名为IRI.txt,按照Multiwfn中单独运算时的指令输入如下命令:
20  //弱相互作用可视化分析
4   //IRI分析
3   //高质量格点

2   //输出output.txt文件
3   //输出func1.cub和func2.cub文件

完成以上工作,双击IRI.bat就可以进行批量处理了,后续结合VMD进行可视化处理。
以上工作不一定完善,只是针对IRI/RDG/AIM等可视化弱相互作用计算的Multiwfn批处理方法,仅供大家参考,希望大家多提出意见,我们一起学习!!

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