第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于8月13~16日于北京举办,是系统性学习分子动力学与GROMACS使用的最佳机会,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3121|回复 Reply: 21

[CP2K] cp2k全家桶 一键安装 不挑系统

[复制链接 Copy URL]

1653

帖子

1

威望

3660

eV
积分
5333

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-4-26 09:15:03 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 abin 于 2022-4-26 16:16 编辑

需要机器具有docker和singularity. 这两个玩意自己google安装吧.

然后执行
  1. singularity build cp2k-9.1.SIF docker://cp2k/cp2k:9.1
复制代码
耐心等待, 会得到镜像文件cp2k-9.1.SIF.


稍微改一下好听的名字, 并安装:
  1. mkdir $HOME/bin
  2. mv cp2k-9.1.SIF $HOME/bin/cp2k-v9.1.exe
复制代码


如何运行计算?
如果使用的是我修改后的版本,
  1. cp2k-v9.1.exe 8 H2O-128.inp > logfile &
复制代码
如果机器有开着超线程, 会看到8个cp2k.psmp进程, 每一个CPU占用, 接近200%.
注意, 无需安装任何MPI.
无需加载任何module, 也无需在~/.bashrc中添加任何MPI设定.
使用官方原版呢, 看官方说明吧.

喜欢用docker的同学, 可以直接使用docker run.

完毕.


更多细节:
https://blog.csdn.net/hpc4you/article/details/124419142

本人修改后, 直接可用的镜像, 下载地址: https://gitee.com/hpc4you/linux
请查阅百度分享目录中的 readme-before-download.txt 文档先.





评分 Rate

参与人数
Participants 4
eV +20 收起 理由
Reason
xexlalalan + 3 GJ!
RandomError + 4
Penson + 5 必须顶
sobereva + 8

查看全部评分 View all ratings

High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

15

帖子

0

威望

1698

eV
积分
1713

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-4-26 12:55:55 | 显示全部楼层 Show all
感谢分享

196

帖子

0

威望

887

eV
积分
1083

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-4-26 15:39:20 | 显示全部楼层 Show all
数学库用的openblas还是 intel 的  mkl?

1653

帖子

1

威望

3660

eV
积分
5333

Level 6 (一方通行)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-26 15:58:17 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 abin 于 2022-4-26 16:07 编辑
gog 发表于 2022-4-26 15:39
数学库用的openblas还是 intel 的  mkl?

cp2k v9.1, v10.0-dev
均来自官方原版.
支持的信息大概如下(摘抄自官方)
cp2kflags: omp libint fftw3 libxc pexsi elpa parallel mpi3 scalapack cosma quip smm_dnn smm xsmm plumed2 spglib sirius libvori libbqb
compiler: GCC version 11.2.0
compiler options:
   -cpp -I /opt/cp2k-toolchain/install/mpich-3.3.2/include -I /opt/cp2k
   -toolchain/install/openblas-0.3.20/include -I /opt/cp2k-toolchain/in
   stall/fftw-3.3.10/include -I /opt/cp2k-toolchain/install/libint-v2.6
   .0-cp2k-lmax-5/include -I /opt/cp2k-toolchain/install/libxc-5.2.2/in
   clude -I /opt/cp2k-toolchain/install/libxsmm-1.17/include -I /opt/cp
   2k-toolchain/install/COSMA-2.5.1/include -I /opt/cp2k-toolchain/inst
   all/elpa-2021.11.002/cpu/include/elpa_openmp-2021.11.002/modules -I
   /opt/cp2k-toolchain/install/elpa-2021.11.002/cpu/include/elpa_openmp
   -2021.11.002/elpa -I /opt/cp2k-toolchain/install/scotch-6.0.0/includ
   e -I /opt/cp2k-toolchain/install/superlu_dist-6.1.0/include -I /opt/
   cp2k-toolchain/install/pexsi-1.2.0/include -I /opt/cp2k-toolchain/in
   stall/quip-b4336484fb65b0e73211a8f920ae4361c7c353fd/include -I /opt/
   cp2k-toolchain/install/gsl-2.7/include -I /opt/cp2k-toolchain/instal
   l/hdf5-1.12.0/include -I /opt/cp2k-toolchain/install/libvdwxc-0.4.0/
   include -I /opt/cp2k-toolchain/install/spglib-1.16.2/include -I /opt
   /cp2k-toolchain/install/SpFFT-1.0.5/include -I /opt/cp2k-toolchain/i
   nstall/SpLA-1.5.3/include/spla -I /opt/cp2k-toolchain/install/sirius
   -7.3.1/include -I /opt/cp2k/src/start/ -I /opt/cp2k/obj/local/psmp/e
   xts/dbcsr -I /opt/cp2k-toolchain/install/mpich-3.3.2/include -I /opt
   /cp2k-toolchain/install/mpich-3.3.2/include -imultiarch x86_64-linux
   -gnu -D_REENTRANT -D __LIBXSMM -D __parallel -D __FFTW3 -D __LIBINT
   -D __LIBXC -D __HAS_smm_dnn -D __SCALAPACK -D __COSMA -D __ELPA -D _
   _LIBPEXSI -D __QUIP -D __GSL -D __PLUMED2 -D __HDF5 -D __LIBVDWXC -D
    __SPGLIB -D __LIBVORI -D __SPFFT -D __SPLA -D __SIRIUS -D __COMPILE
   _ARCH="local" -D __COMPILE_DATE="Fri Apr  1 11:03:48 UTC 2022" -D __
   COMPILE_HOST="323e498f2560" -D __COMPILE_REVISION="git:aa9c8d9" -D _
   _DATA_DIR="/opt/cp2k/data" -D __SHORT_FILE__="start/cp2k.F" -mtune=g
   eneric -march=x86-64 -g -g -O2 -O3 -Werror=aliasing -Werror=ampersan
   d -Werror=c-binding-type -Werror=intrinsic-shadow -Werror=intrinsics
   -std -Werror=line-truncation -Werror=tabs -Werror=target-lifetime -W
   error=underflow -Werror=unused-but-set-variable -Werror=unused-varia
   ble -Werror=unused-dummy-argument -Werror=conversion -Werror=zerotri
   p -Wno-maybe-uninitialized -Wuninitialized -Wuse-without-only -std=f
   2008 -fPIC -fno-omit-frame-pointer -fopenmp -funroll-loops -fbacktra
   ce -ffree-form -fimplicit-none -fallow-argument-mismatch -fpre-inclu
   de=/usr/include/finclude/math-vector-fortran.h
百度共享链接中, 亦有提供其他版本. 比如 cp2k v7.1,
[wang@lab-itc v7.1]$ singularity inspect cp2k-v7.1-intel2018u4-skx-v2.SIF
Author: hpc4you@163.com
Caution: Only works on AVX512-enabled CPUs.
Dependency: None
Description: cp2k v7.1
Link: https://gitee.com/hpc4you/hpc
Note: All plugins and cp2k.v7.1 are compiled with intel2018u4, AVX512 enabled. CPU Multiplication driver XSMM, which is much faster than BLAS.
Plugins: libint-v2.6.0-cp2k-lmax-6, libxc-4.3.4, libxsmm-1.16.1, elpa-2020.05.001, plumed2-2.6.1


比如 cp2k v8.1,
[wang@lab-itc intel-share-version]$ singularity inspect cp2k-v8.1-intel2018u4-skx-v2.SIF
Author: hpc4you@163.com
Caution: Only works on AVX512-enabled CPUs.
Dependency: None
Description: cp2k v8.1
Link: https://gitee.com/hpc4you/hpc
Note: All plugins and cp2k.v8.1 are compiled with intel2018u4, AVX512 enabled. CPU Multiplication driver XSMM, which is much faster than BLAS.
Plugins: libint-v2.6.0-cp2k-lmax-6, libxc-4.3.4, libxsmm-1.16.1, elpa-2020.05.001, plumed2-2.6.1
org.label-schema.build-arch: amd64


后续的版本,
intel套件越来越庞大, GNU的套件, 效率也越来越好.
所以, 使用GNU/GCC + MPICH + openBLAS效果也挺好的.

从v8.2开始, 就算是使用官方最简单的intel.arch, 也会遭遇部分测试算例失败哦, 非常挑剔编译器的.
你可以试试, 使用intel编译器, 编译cp2k本体,以及各个组件试试.

High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

5

帖子

0

威望

93

eV
积分
98

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-4-26 16:05:42 | 显示全部楼层 Show all
楼主您好!请问按照您的步骤,在执行./cp2k-v9.1.exe时,出现了如下报错。
[cp2k@bogon cp2k]$ ./cp2k-v9.1.exe
ln: failed to create symbolic link '/opt/cp2k/exe/local/cp2k': Read-only file system
请问这是什么原因呢?

1653

帖子

1

威望

3660

eV
积分
5333

Level 6 (一方通行)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-26 16:08:59 | 显示全部楼层 Show all
xzysooyoung 发表于 2022-4-26 16:05
楼主您好!请问按照您的步骤,在执行./cp2k-v9.1.exe时,出现了如下报错。
[cp2k@bogon cp2k]$ ./cp2k-v9. ...

你用的不是我处理的镜像, 当然无法如此使用了.


如果使用官方的, 请学习docker.

CSDN我有描述, 我做了部分修改.

官方的docker, 缺少必要的设定, 无法使用, 具体去google group查询.
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

5

帖子

0

威望

93

eV
积分
98

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-4-26 16:28:13 | 显示全部楼层 Show all
楼主,就是说要是按照你的步骤安装,需要付费咨询或者付费购买是么?

1653

帖子

1

威望

3660

eV
积分
5333

Level 6 (一方通行)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-26 16:44:47 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 abin 于 2022-4-26 16:50 编辑
xzysooyoung 发表于 2022-4-26 16:28
楼主,就是说要是按照你的步骤安装,需要付费咨询或者付费购买是么?

如果你认可,
官方测试全通过,然后跑计算遇到问题,
应该去给github cp2k项目提供issues ,
而不是认为我必须给你解决,
那你可以试试我修改之后的直接可用之版本。
实际上就是把官方的docker做了一丁点修改。
其实,你也可以修改。

付费,你愿意的话,你自己提个建议吧…
省的又跑来一个高材生,
指责我“以扶贫价格羞辱他”。

或者你用官方的docker也可以。
就是用起来稍微多敲点东西而已。
我自己不理解docker,所以我认为那玩意太繁琐。

也许,诸位朋友看了,会觉得docker才好用。
反而是singularity apptainer才是邪门歪道。

另,我只是以实际的案列,来说明,
如果会用singularity,那么Linux平台的软件安装或者调试,
将非常简单。
复杂的依赖关系,
都可以通过一个简单的可执行文件来解决,
和微软上的使用思维特别相似。
关于singularity,我也在华为的openEuler看到了类似的东西,
似乎叫做贾维斯还是啥的…B站有他们公开的会议视频有。

本周,
我也会参与华为openEuler HPC小组讨论,
分享我捣鼓的hpc4you toolkit套件…会议视频会在B站公开,
如有兴致,可以自己查看。



High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

196

帖子

0

威望

887

eV
积分
1083

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-4-26 21:31:28 | 显示全部楼层 Show all
abin 发表于 2022-4-26 15:58
cp2k v9.1, v10.0-dev
均来自官方原版.
支持的信息大概如下(摘抄自官方)

技术大牛!

1653

帖子

1

威望

3660

eV
积分
5333

Level 6 (一方通行)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-27 18:07:19 | 显示全部楼层 Show all
补充一下,

关于docker singularity的基本使用,
可以自己查看official manual, 或者观摩这个, http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html

如果你看了这个帖文里面的讨论之后,
能完全理解题主的操作在做啥, 也能理解我的回复在讲什么,
那么,
你完全有能力把SIF做成一个可执行的二进制文件, 而不必在host上准备和配置任何MPI等环境.
但是如果看不懂, 那么你需要花费一点点时间, 学习一下的.

另外提示,  http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html 这里面的某一个操作,
可能导致你自己构建的sandbox无法启用...
@djjj148 也许他运气好, 并没有遇到sandbox无法启用的情形.

High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

1653

帖子

1

威望

3660

eV
积分
5333

Level 6 (一方通行)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-27 18:32:10 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 abin 于 2022-4-27 18:52 编辑

别别... 其实我是个计算机外行...
我完全依照自己的理解和经验, 瞎搞呢...

我所有的设计方案都是, 让具备”熟练使用MicroSoft Word, PowerPoint, Excel"电脑技能的硕士博士新生,
能尽快的建立自己的工作平台,
并按照微软的惯性思维, 以单一可执行文件, app.exe, 直接运行的方式,
来加载科学计算.

期望能更简单, 学生不需要考虑这个依赖, 那个库.
如果并行, 只需写一个数字, 告诉几个核心, 然后后面加上输入文件即可.

对于很多做计算的硕士, 博士, 你仅仅需要难道计算输出的数据,
然后给这些数据提供合理的化学解释, 并支撑自己的实验数据, 预期, 以及导师的预期...

其他方面, 如果有兴趣, 可以学习. 前提是, 有兴趣, 看google official manual, 以及 有时间.

仅代表个人言论...

另, 做简化方案, 是因为, 某一天看到新生对于互联网的认识, 和老人完全有代沟了....
事情是这样的.
集群有login banner,,,
有一行是  Manual, http://192.168.1.100/hpc
........
我问, 没看登录欢迎信息吗?
自己没看手册吗?
然后人家一脸茫然....
我以为, 微软登录没看到.
去现场, 使用学生的机器测试了一下, login banner正常, 黑色背景, 绿色信息...
我问, 没看这个?
答曰: 啊, 这东西要看吗? (又说了好几句, 大致意思, 机器启动都会有一堆字符串跳啊跳的, 这些用看吗, 不都不看的嘛....)
然后, 我打开浏览器, 在地址栏, 复制粘贴了 http://192.168.1.100/hpc, 并按了回车,
浏览器打开了一个网页.....

惊呼: 啊, 这个地方还可以自己写东西呀(指的是浏览器地址栏)....我以为打开这个, 显示啥, 就看啥. 顶多是把你说的地址粘贴到百度框框里面....

可能, 仅仅是一个特别典型的案列, 小朋友已经不理解什么是浏览器地址栏了....
那么, 小朋友把指令一股脑不分行, 粘贴到终端也不奇怪了....
那么, 小朋友, 不会给指令中间敲空格, 也不奇怪了.... 甚至分不清楚 /etc/hosts  / etc/hos ts /ect/host 也就不难想象了....
好在, 我不是以上案例所描述的小朋友的指导老师.....

High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

196

帖子

0

威望

887

eV
积分
1083

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-4-29 20:35:09 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 gog 于 2022-4-29 20:39 编辑
abin 发表于 2022-4-27 18:32
别别... 其实我是个计算机外行...
我完全依照自己的理解和经验, 瞎搞呢...

商业收费软件,就建个模型,输入些参数,就可以提交计算任务了。
开源的软件嘛,自己编译计算程序、后处理程序和编写输入脚本,是普通得不能再普通的事情了。而这,对非计算机专业出身的用户,啊哈哈,太难了。
反正我一有空余时间,就会倒腾一下两下看看。

196

帖子

0

威望

887

eV
积分
1083

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-5-12 08:39:43 | 显示全部楼层 Show all
最新版CP2K测试,56核心,3728个测试例子,28分钟提升到11分钟。这速度。
https://www.bilibili.com/read/cv16561618

202205120839222573..png

234

帖子

0

威望

939

eV
积分
1173

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-5-12 16:03:58 | 显示全部楼层 Show all
gog 发表于 2022-5-12 08:39
最新版CP2K测试,56核心,3728个测试例子,28分钟提升到11分钟。这速度。
https://www.bilibili.com/read/ ...

9.1速度提升那么多吗?相比7.1能提升多少
努力挖掘科学的本质

196

帖子

0

威望

887

eV
积分
1083

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-5-12 16:19:43 | 显示全部楼层 Show all
Penson 发表于 2022-5-12 16:03
9.1速度提升那么多吗?相比7.1能提升多少

该是开发版本吧。dev版本

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-8-12 02:21 , Processed in 0.721840 second(s), 29 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list