添加新的原子但力场无法识别

AlanTam · 发表于 Post on 2022-4-27 12:03:56

我在amber99力场中在ffnonbonded.itp，ions.itp以及atomtype文件中均添加了新原子文件，但力场仍然无法识别，求助论坛里的大大们

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-27 12:20:23

把细节描述清楚，怎么操作的，什么提示。想得到有效回复就竭尽所能描述尽可能详细

AlanTam · 发表于 Post on 2022-4-27 12:42:48

sobereva 发表于 2022-4-27 12:20
把细节描述清楚，怎么操作的，什么提示。想得到有效回复就竭尽所能描述尽可能详细

抱歉sob老师我的描述不够清楚下次一定注意，我的蛋白质中s用se取代，蛋白质pdb文件中的s改为了se。并且在力场文件中添加Se信息，运行gromacs中amber99力场生产拓扑文件时出现Atom Se in residue MET 59 was not found in rtp entry MET with 17 atoms while sorting atoms.的错误提示。

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-4-27 13:19:57

AlanTam 发表于 2022-4-27 12:42
抱歉sob老师我的描述不够清楚下次一定注意，我的蛋白质中s用se取代，蛋白质pdb文件中的s改为了se。并且在 ...

包含残基信息的rtp文件也要改

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-28 05:53:47

AlanTam 发表于 2022-4-27 12:42
抱歉sob老师我的描述不够清楚下次一定注意，我的蛋白质中s用se取代，蛋白质pdb文件中的s改为了se。并且在 ...

S替换为Se相当于MET变成了非标准残基，应当自己把pdb里这个残基新定义一个残基名，并且在rtp里把[MET]部分内容复制成新的来定义一个新的残基，并根据rtp文件规则恰当修改这部分内容（Se的原子电荷、原子类型、相关的bonded参数等）

xishaofan · 发表于 Post on 2025-6-2 13:14:55

sobereva 发表于 2022-4-28 05:53
S替换为Se相当于MET变成了非标准残基，应当自己把pdb里这个残基新定义一个残基名，并且在rtp里把[MET]部 ...

sob老师，上述ions.itp中未定义mass，软件是会自己从ffnonbonded.itp里面读取吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-2 17:09:17

xishaofan 发表于 2025-6-2 13:14
sob老师，上述ions.itp中未定义mass，软件是会自己从ffnonbonded.itp里面读取吗？

用[atomtypes]里定义的

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