用amber跑QM/MM之前的动力学遇到的一些问题

科研狗

各位老师好，我在用amber18跑动力学的过程中，三个步骤：①能量最小化，②加热，③成品模拟，我的问题：
1.在加热过程中，我的体系的势能是随着温度的变化升高，但老师说势能是不会随着温度的变化而变化，因为只有动能是温度的函数，但是我看过好几个关于amber教程跟案例，他们的势能都是随温度升高而增加，我不知道自己的结果对不对。
2.成品模拟的结束后，下一步要进行QM/MM，怎么在成品模拟取出某一步作为QM/MM的初始结构，是根据接近势能平均值的那一步，还是势能最低的那一步？
3.cluster analysis为了后面的QM/MM在正品模拟选择初始结构，这个文章研究的是DNA,我研究的有机物用这种分析方法有意义吗，
谢谢老师解答

Frozen-Penguin

势能升高是正常的，理论上能量最小化之后势能最小，温度升高后原子的坐标会发生变化，而势能是坐标的函数，所以会变大。

sobereva

温度越高，原子热运动越快，偏离平衡几何参数的程度整体越大，自然势能会越高
取什么结构做QM/MM看具体体系具体问题。如果是想选取水中的蛋白质比较典型的且自由能较低的结构做QM/MM，可以做簇分析，取容量最大的簇里面代表性的结构