有限温度下的声子谱计算，频率竟然如此离谱？

千纸梦

图1是我计算的3*3*1的300K下的声子谱。图2是零温的振动频率的一部分。
用AIMD计算的，使用的是dynaphopy，初末温度都是300，步长1.5，nsw设置为10000.
计算结束后，重整力常数，拿得到的力常数来画声子谱。频率低的离谱，全是零点几THz。不重整力常数，分析峰位，计算出来的频率也都是这些。
大概是哪里出了问题？这个材料我们室温下测过拉曼，那峰位和零温计算的拉曼谱符合的很好。不存在高温不稳定的问题。

get-it

首先看下你的md轨迹,是否有熔化或者扩散.
把VACF和DOS画出来,检查一下.

千纸梦

get-it 发表于 2022-5-10 03:36
首先看下你的md轨迹,是否有熔化或者扩散.
把VACF和DOS画出来,检查一下.

声子DOS画了也没用，不过MD轨迹我可以试着画一次看看。这是一个MXene材料，制备出来各种表征都很正常，到我这里算个室温声子谱就不对了，我觉得一定是我的问题~可能是INCAR和dynaphopy哪里设置的问题吧

get-it

千纸梦 发表于 2022-5-10 13:27
声子DOS画了也没用，不过MD轨迹我可以试着画一次看看。这是一个MXene材料，制备出来各种表征都很正常，到 ...

至少应该看看总的VACF和power spectrum (DOS)。如果和简谐dos差别很大，那就是你数据处理或者md设置有问题。

千纸梦

get-it 发表于 2022-5-10 14:37
至少应该看看总的VACF和power spectrum (DOS)。如果和简谐dos差别很大，那就是你数据处理或者md设置有问 ...

您说的很对，考虑非谐和简谐的差距的确非常之大。我认为是设置出的问题，是否是SMASS的系综设置导致的问题？我的SMASS设置为0

get-it

千纸梦 发表于 2022-5-10 15:35
您说的很对，考虑非谐和简谐的差距的确非常之大。我认为是设置出的问题，是否是SMASS的系综设置导致的问 ...

  我觉得SMASS没那么大的影响，更可能是dynaphopy的设置不对

千纸梦

get-it 发表于 2022-5-10 16:38
我觉得SMASS没那么大的影响，更可能是dynaphopy的设置不对

我用VMD看了XDATCAR，运动轨迹没问题，虽然振动但是总体上没有散架的。我现在也倾向于是Dynaphopy设置的不对，导致导出来的peak是有问题的。我再看看

get-it

千纸梦 发表于 2022-5-10 16:54
我用VMD看了XDATCAR，运动轨迹没问题，虽然振动但是总体上没有散架的。我现在也倾向于是Dynaphopy设置的 ...

可以试下修改power sepctrum的计算方法。默认的方法好像是最大熵（不确定，很久没用了），改成傅里叶变换试试

千纸梦

get-it 发表于 2022-5-10 17:02
可以试下修改power sepctrum的计算方法。默认的方法好像是最大熵（不确定，很久没用了），改成傅里叶变换 ...

唉，改了也不行。老是零点几THz。我觉得不是supercell的问题，再用更大的supercell意义也不大了

千纸梦

get-it 发表于 2022-5-10 17:02
可以试下修改power sepctrum的计算方法。默认的方法好像是最大熵（不确定，很久没用了），改成傅里叶变换 ...

尝试引入pyfftw进行傅里叶变换，可以得到预期的结果了。非常感谢！

Shana

get-it 发表于 2022-5-10 17:02
可以试下修改power sepctrum的计算方法。默认的方法好像是最大熵（不确定，很久没用了），改成傅里叶变换 ...

您果然厉害，我的好多声子谱计算都是参考您的意见。我也遇到了和楼主一样的问题，改用fftw之后，高温声子谱就正常了。非常感谢！

gch123

Shana 发表于 2023-5-9 09:27
您果然厉害，我的好多声子谱计算都是参考您的意见。我也遇到了和楼主一样的问题，改用fftw之后，高温声子 ...

你好  请问一下怎么改用fftw呢？刚开始用dynaphopy

Shana

gch123 发表于 2023-5-14 13:13
你好  请问一下怎么改用fftw呢？刚开始用dynaphopy

指令后面加上-psm 3就可以了