计算sdf的时候中心分子如何选择？

yee · 发表于 Post on 2022-5-10 21:38:58

请问一下计算sdf的时候是只能选一个中心分子吗？还是可以直接用多个分子的体系计算？我想计算离子液体和co2体系中的co2与阴阳离子以及阴阳离子之间的sdf，可是的到得结果是多个中心分子的。我看教程好像是可以通过叠加与转动来实现只有一个分子显示，我按教程的做好像没成功。然后又看了相关提问，老师说只要一个中心分子跑md，但是如果只有一个阳离子或者阴离子，则体系则带上电荷，gromacs能跑点电荷的体系吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-11 17:52:24

语义不明

sdf根本没有中心分子的概念
rdf才能说中心分子、“xx离子之间”这种词
搞清楚sdf的定义，能设的只有被计算sdf的对象。

“gromacs能跑点电荷的体系吗”完全莫名其妙。gmx支持的力场里就是通过点电荷描述的静电相互作用。分清楚“体系净电荷”和“点电荷”

yee · 发表于 Post on 2022-5-11 19:14:49

sobereva 发表于 2022-5-11 17:52
语义不明

sdf根本没有中心分子的概念

这个教程就是说的中心分子啊。
后面是我打错了，我想问的是“能跑带电荷的体系吗？”

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-11 20:08:36

yee 发表于 2022-5-11 19:14

甭看网上一些莫名其妙的误人子弟的教程
但凡你知道sdf是什么含义，公式怎么定义的，自然就知道没有什么叫中心分子的东西
sdf就是指三维空间中不同位置你指定的粒子的密度，哪来的什么中心分子？

diaok · 发表于 Post on 2022-5-13 17:08:43

看你的描述应该是想说跑正常的离子液体，然后把每个同种离子都作为正中央的分子叠合起来统计平均
这种功能我在travis里试过
但是这要求每个分子构象完全一致，要固定整个分子，合不合理还是不好说

yee · 发表于 Post on 2022-5-13 19:08:13

diaok 发表于 2022-5-13 17:08
看你的描述应该是想说跑正常的离子液体，然后把每个同种离子都作为正中央的分子叠合起来统计平均
这种功能 ...

我用travis跑出来了，就是不知道准不准确

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