关于CHCHCN+H过渡态寻找问题

JCenter

wzkchem5 发表于 2022-5-12 17:43
可以。其实只要柔性扫描选的坐标合理，扫出来曲线平滑，只靠柔性扫描就可以证明可以不经过过渡态反应。虽然 ...

老师，您好。我想向您请教一个问题，我对于二胺分子中的一个胺基质子化，去研究另一个未质子化胺基与酰基氯的基元反应能垒。为了确定是否有过渡态，我做了柔性扫描，计算机别为b3lyp-d3(bj)/6-31G(d,p)结合iefpcm隐式溶剂模型代表正己烷环境。N和C原子从2.1埃靠近至1.4埃，每步0.01埃。电子能变化如图所示，一般胺基与酰氯的SN2亲核取代反应，过渡态C-N之间的距离差不多在1.85埃左右，然而该过程，从2.1埃到1.7埃能量一直升高，1.7埃处，Cl原子移动位置，远离羰基，并与胺基氢靠近，形成HCl,由此能量降低，如此的能量变化过程，算是有过渡态吗（1.7埃处），我也在1.7埃处做了过渡态搜索，发现震荡，收敛不了。1.我个人推断并无过渡态，不知道这样考虑对吗，还是说我有什么没考虑到。（尽管质子化的二胺一般都是水溶性的，iefpcm模型代表水环境的我其实做了。因好奇才做的正己烷下的柔性扫描）。2.根据柔性扫面的图的变化，没过渡态的话，能垒可以直接产物减去反应物吗，但是我看这个靠近过程的能量变化，并不是单调上升的。（柔性扫描和过渡态搜索的输出文件在压缩包里）

wzkchem5

JCenter 发表于 2024-9-4 07:38
老师，您好。我想向您请教一个问题，我对于二胺分子中的一个胺基质子化，去研究另一个未质子化胺基与酰基 ...

扫描曲线不连续，这种情况一般需要反方向扫
这种反应必然有大量文献研究过，其实可以按文献的过渡态结构直接摆一个初猜做opt=TS，不需要扫描

JCenter

wzkchem5 发表于 2024-9-7 15:15
扫描曲线不连续，这种情况一般需要反方向扫
这种反应必然有大量文献研究过，其实可以按文献的过渡态结构 ...

好滴，感谢老师。