Autodock中如何进行电荷的修改？

璀璨星空 · 发表于 Post on 2022-5-16 15:45:24

各位老师，我请教一个问题，我用来对接的配体分子在使用autodock计算电荷后，输出的pdbqt文件里的电荷总量是-0.002，如果我想让其中的一个N带一个正电荷我应该怎么操作呢？是直接在pdbqt文件里修改吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-5-17 12:46:54

Autodock是联合原子模型，质子化NH是不会联合掉的，换句话说就是你做配体的pdbqt文件时用的pdb或者mol2文件里N上有H就行

璀璨星空 · 发表于 Post on 2022-5-17 14:39:27

喵星大佬发表于 2022-5-17 12:46
Autodock是联合原子模型，质子化NH是不会联合掉的，换句话说就是你做配体的pdbqt文件时用的pdb或者mol2文件 ...

非常感谢解答，老师的意思是，我在配体的pdb文件里直接在N上添加一个H就行了是嘛？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-5-17 18:48:11

璀璨星空发表于 2022-5-17 14:39
非常感谢解答，老师的意思是，我在配体的pdb文件里直接在N上添加一个H就行了是嘛？

是的，完了再确认一下pdbqt里的电荷，看看程序判对了没

璀璨星空 · 发表于 Post on 2022-5-19 08:51:59

喵星大佬发表于 2022-5-17 18:48
是的，完了再确认一下pdbqt里的电荷，看看程序判对了没

非常感谢

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[分子对接] Autodock中如何进行电荷的修改？