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[综合交流] 求助模拟离子通道时怎样在POPC磷脂层的一边加入固定浓度的Ca2+离子

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目前想先按照这篇nature communication2021年的文章“https://doi.org/10.1038/s41467-020-14573-w”进行复现(如下图),用CHARMM-GUI生成popc-ryr的体系问题:1.在计算中怎么设定跨膜电势?(文中提到是100mv)2.文中提到直接使用CHARMM-GUI形成的模型进行动力学模拟,无法观察到Ca离子的渗透,原因是Ga离子在默认的模型中与蛋白结合过于紧密,所以创新性的提出了6个结合位点的模型,那这6个位点在模拟的时候怎么才能规定呢?
3.怎么在膜两侧加入不同浓度的Ca离子呢,通过体积计算离子个数?还是有代码可以计算,求各位老师的指点。





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POPC-Ryr1模拟体系.蓝色球为Cl-离子,灰色球为Ca2+离子

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发表于 Post on 2022-5-17 02:04:46 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-17 22:10:24 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,还想问老师,如果我用membed方法嵌入蛋白质,使用54A8膜力场平衡好的POPC拓扑文件,插入蛋白时,应该使用那个力场呢?水选择SPC可以吗?

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发表于 Post on 2022-5-18 22:11:38 | 只看该作者 Only view this author
hongyi166_ 发表于 2022-5-17 22:10
谢谢老师,还想问老师,如果我用membed方法嵌入蛋白质,使用54A8膜力场平衡好的POPC拓扑文件,插入蛋白时 ...

54A8并不是膜力场,分清楚和膜力场54A8_v1之间的关系
用54A8_v1表现膜的时候就用54A8描述蛋白质
水还用SPC
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