如何找到利用xtb找到过渡态？看到一篇nature利用xtb和Molcus寻找过渡态

夜千 · 发表于 Post on 2022-5-17 21:03:37

拜读了sob的利用gaussian和xtb联合寻找过渡态做irc分析，和利用xtb和Molcus寻找构象后，还是不太理解xtb如何找到过渡态。
图片为支持文献计算步骤截图，https://doi.org/10.1038/s41586-022-04531-5.
图中第三步，开始对过渡态优化，这个是如何做到的呢？是gaussian与xtb结合吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-17 22:01:44

直接用molclus调用xtb

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-17 23:21:11

我没时间细看，大概是批量优化过渡态时，在molclus调用xtb进行优化时做了约束来维持反应区域的结构。molclus的settings.ini里设置freeze参数就可以在调用xtb进行优化时冻结指定序号的一批原子。molclus批量筛出来候选的过渡态初猜后，再用量化程序依次对每个结构用DFT做opt=TS freq这种任务。

夜千 · 发表于 Post on 2022-5-17 23:33:31

wzkchem5 发表于 2022-5-17 22:01
直接用molclus调用xtb

谢谢回复，那请问molcus调用的过渡态是怎么来的呢，是纯粹凭直觉初猜吗？之后是否还需要结合gaussian做irc分析呢

夜千 · 发表于 Post on 2022-5-18 10:42:57

sobereva 发表于 2022-5-17 23:21
我没时间细看，大概是批量优化过渡态时，在molclus调用xtb进行优化时做了约束来维持反应区域的结构。molclu ...

谢谢老师回复，请问这个过渡态初猜结构，这样做是化学直觉摆的吗，还是初步经历了gaussian验证的结

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-18 21:52:13

夜千发表于 2022-5-18 10:42
谢谢老师回复，请问这个过渡态初猜结构，这样做是化学直觉摆的吗，还是初步经历了gaussian验证的结

文中理应说了，再仔细看看，没写明可以问作者

夜千 · 发表于 Post on 2022-5-19 20:34:22

sobereva 发表于 2022-5-18 21:52
文中理应说了，再仔细看看，没写明可以问作者

谢谢sob老师，已发邮件请教作者

QJW · 发表于 Post on 2025-6-10 16:30:32

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