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[Multiwfn资源与经验] 利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ

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发表于 2014-11-20 07:26:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ

文/Sobereva @北京科音   2014-Nov-19

NICS、NICS(1)_ZZ的定义在《衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/176)的3.1节有详细介绍。NICS(1)_ZZ具体指的是垂直于环平面上方1埃处在垂直于环平面方向上的磁屏蔽值的负值。对于平面体系,这很好算,比如体系在XY平面上,那么先计算出环的中心,然后把坐标的Z值加1,放置个Bq原子(对于Gaussian来说),然后算NMR,读取Bq原子的磁屏蔽张量的ZZ分量取负号即可。但是,被研究的环如果不在XY/YZ/XZ平面上,或者环本身就是扭曲的而非完美平面,那么计算NICS(1)_ZZ就很麻烦了,光是确定要计算的Bq原子的位置就不好搞。比如下面的例子,C36的一个异构体,假设要研究红点标注的5,6,25,28,27,29这个六元环,它既是斜着的,又不是纯平面。

1.png

虽然也可以旋转这个团簇,让这个环正好基本平行于XY平面上,然后按照常规步骤算NICS(1)_ZZ,但是如果要研究的环很多,每研究一个环都这么转一次结构,实在太麻烦。而利用Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn),则可以很方便地解决计算倾斜非平面环的NICS(1)_ZZ的问题。下面就以上面那个环作为例子,来演示一遍操作。


我们先计算出环中心。有很多方法计算环中心,两种比较常用,其一是取环的质心,其二是取环的AIM理论中的环临界点(RCP)位置。由于前者不需要波函数文件,有结构就行了,为了省事我们此例就用质心。后者也可以十分方便快速地通过Multiwfn的拓扑分析功能得到,可参见《使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度》(http://sobereva.com/108 )。

启动Multiwfn,输入以下命令
Fullerene_No.1-C2.pdb // C36结构文件
100
21 // 计算各种基于几何结构的属性
5,6,25,28,27,29 // 组成环的原子的序号,这些原子将会被用来计算各种基于几何结构的属性
从输出文件中我们看到了此环的质心
Center of mass (X/Y/Z): 0.96300000 -1.89100000 0.43750000 Angstrom

我们把质心坐标复制下来,然后输入
q //返回
24 //辅助计算非平面体系的NICS_ZZ
0.96300000 -1.89100000 0.43750000 //粘贴刚才的质心坐标
因为这个环本身不是平面的,因此也没有办法唯一地定义一个平面来代表它。我们这里输入28,29,6来用这三个原子来定义其平面,这么做从直觉上是比较合理的(对于六元环通常就是这样隔一个取一个原子)。

屏幕上显示
The unit normal vector is -0.23403136 0.93881929 -0.25268095
The X,Y,Z coordinate of the points below and above 1 Angstrom of the plane from
the point you defined, respectively:
1.1970313579 -2.8298192904 0.6901809519 Angstrom
0.7289686421 -0.9521807096 0.1848190481 Angstrom

告诉了你此平面的单位法向量,以及从刚才输入的环中心沿着法向量向上和向下分别移动1埃后的坐标。这两个坐标就可以设为Bq原子来计算NICS(1)_ZZ了。假设整个体系大体是个平面,那么用这两个点的NICS(1)_ZZ值取平均是比较合理的。不过当前体系是笼状体系,所以我们只应当取处在环外的那个点来算NICS(1)_ZZ。

建议先别关Multiwfn,因为待会儿还得把算好的Bq点的屏蔽张量输进去。如果关了的话,之后还得重新做上述操作。

我们基于C36的结构创建一个Gaussian输入文件,然后把刚才得到的1.1970313579 -2.8298192904 0.6901809519这个点作为Bq原子的位置,此时输入文件如下(此文仅作为示例,纯粹为节省计算量用STO-3G,实际研究中决不能低于6-31G*,否则结果没法用)
#P B3LYP/STO-3G NMR nosymm

Generated by Multiwfn

0 1
C -3.06300000 -0.54400000 0.11800000
C -2.20500000 -1.61200000 -0.25800000
...[略]
C 2.55900000 -0.14400000 -1.38400000
C 2.29700000 1.21800000 -1.08100000
Bq 1.1970313579 -2.8298192904 0.6901809519


用gview查看一下,可见Bq原子位置很合适,确实是在环平面上方1埃处

2.png

注意输入文件里的nosymm很重要,如果不写的话,Gaussian可能会自动旋转体系到标准朝向下,导致垂直于环平面的方向在计算前后不同,Multiwfn也就没法正确提取垂直于环平面方向的分量了。

用Gaussian计算此文件,看到NMR部分Bq原子的输出
37 Bq Isotropic = -5.9828 Anisotropy = 26.8438
XX= 0.4617 YX= -0.6483 ZX= -1.1534
XY= 2.4525 YY= -23.5551 ZY= 6.8922
XZ= 6.4117 YZ= -36.8502 ZZ= 5.1448
Eigenvalues: -30.0625 0.2009 11.9131


切换回Multiwfn窗口,将屏蔽张量依次输入进去
0.4617,-0.6483,-1.1534
2.4525,-23.5551,6.8922
6.4117,-36.8502,5.1448
(秘籍:想图省事的话,把Gaussian输出文件的屏蔽张量那三行一次性直接粘贴到Multiwfn窗口里也可以)

最后会显示
The shielding value normal to the plane is -13.3860283145
The NICS_ZZ value is thus 13.3860283145
即NICS(1)_ZZ值为13.386。


顺带一提,虽然NICS(0)_ZZ我很不推荐,但如果非要算的话,步骤和上述一样,只不过把Bq放在环中心即可。要计算比如NICS(5)_ZZ也可以,也就是把环中心坐标加上5*单位法向量,就得到了要算的垂直于平面上方5埃处的点的坐标。之后的步骤和文中一样,输入那个点的屏蔽张量即可。

如果要研究的环有多个,那么按照上述步骤,确定出各个环要计算的Bq原子位置,都写进Gaussian输入文件里,只需要Gaussian算一次即可,而不需要每研究一个环都单独算一次。

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发表于 2015-4-22 09:25:33 | 显示全部楼层
我想问下,平时说的x, y, z方向跟xx,yy,zz方向 有什么可以联系的地方?

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 楼主| 发表于 2015-4-22 14:22:59 | 显示全部楼层
赵云跳槽 发表于 2015-4-22 09:25
我想问下,平时说的x, y, z方向跟xx,yy,zz方向 有什么可以联系的地方?

X,Y,Z是方向,而XX,YY,ZZ都是二阶张量的分量。
下图中,B'是感生磁场,B0是外加磁场,σ是磁屏蔽张量。
1.png

根据矩阵运算关系可见,比如σXY就体现了在Y方向外加B0y磁场时,对X方向的感生磁场会有多少贡献
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发表于 2016-7-9 20:17:15 | 显示全部楼层
老师,您好,我想问下除了用Multiwfn还没有没别的确定要计算的Bq原子的位置的方法,因为我下了个Multiwfn不太会用,谢谢老师。

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 楼主| 发表于 2016-7-10 07:09:57 | 显示全部楼层
haipwei 发表于 2016-7-9 20:17
老师,您好,我想问下除了用Multiwfn还没有没别的确定要计算的Bq原子的位置的方法,因为我下了个Multiwfn不 ...


没有
不会就学啊!谁天生就会。你用别的软件天生就会?其它哪个程序像multiwfn一样手册里又有一大堆例子,还特意写博文去详细示例介绍?
Multiwfn这么简单好用的程序都不会用,其它连个像样英文手册都没有的程序能会用才怪。
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发表于 2017-10-20 08:49:40 | 显示全部楼层
请问老师几个问题, 2 (2).png 2 (1).png 一、(图一)本征值与屏蔽张量的关系以及与XX、YY、ZZ的关系,二、(图二)G09计算出Bq的Iso值,是不是代表NICS(1)的值,  如果用G09输出的NMR结果如何得到NICS(1)_ZZ的值以及与Multiwfn软件结果的区别

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 楼主| 发表于 2017-10-20 08:52:25 | 显示全部楼层
weizheng007 发表于 2017-10-20 08:49
请问老师几个问题,一、(图一)本征值与屏蔽张量的关系以及与XX、YY、ZZ的关系,二、(图二) ...

1 看这里的描述
将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献
http://sobereva.com/145
2 如果Bq那个位置是在平面上方1埃处,是NICS(1)的值
其余问题看
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里关于NICS的描述
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发表于 2017-10-20 08:58:47 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-10-20 08:52
1 看这里的描述
将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献
http://sobereva.com/145

看了才迷糊的, 1、博文有的XX、YY、ZZ以外的数值为零,   有的不为零,但Iso均为对角元的平均值,Aniso也有讲述,但没有看到本征值讲法,2、Gaussian输出结果和Multiwfn结果不一样更迷糊

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 楼主| 发表于 2017-10-20 17:52:11 | 显示全部楼层
weizheng007 发表于 2017-10-20 08:58
看了才迷糊的, 1、博文有的XX、YY、ZZ以外的数值为零,   有的不为零,但Iso均为对角元的平均值,Aniso ...

矩阵本征值是线性代数里的基本内容,对磁屏蔽张量对角化一下就完了
正因为倾斜的环你直接从高斯输出文件里读不到垂直于平面的分量,所以才需要用Multiwfn基于高斯的输出数据进行变换来得到
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