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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ

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发表于 Post on 2019-9-1 19:39:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-28 23:25
公式在手册3.100.24节提到了,你拟合了平面方程就有了法矢量,按照公式对磁屏蔽张量做个简单的矩阵运算就 ...

非常感谢sobereva老师,公式解释的很明白啊,我自己也用mathematica编了一个程,验证了一下multiwfn,原谅我比较多疑,喜欢明白自己在算什么。

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发表于 Post on 2022-1-12 18:09:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 QuantumicGuy 于 2022-1-12 18:50 编辑

请问sob老师,螺烯体系算了多个环平面上下1 A的NICS(1)_ZZ,有差距,请问是取苯环上下的平均值吗

螺烯NICS.jpg (20.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 110)

螺烯NICS.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-13 08:19:44 | 只看该作者 Only view this author
QuantumicGuy 发表于 2022-1-12 18:09
请问sob老师,螺烯体系算了多个环平面上下1 A的NICS(1)_ZZ,有差距,请问是取苯环上下的平均值吗

把立体结构图贴出来,标上环的序号
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-13 09:50:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-13 08:19
把立体结构图贴出来,标上环的序号

图片左侧贴出的是4号分子的主视图、X、Y方向的分子结构,谢谢老师!

4.png (285.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 99)

4.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-13 11:08:21 | 只看该作者 Only view this author
QuantumicGuy 发表于 2022-1-13 09:50
图片左侧贴出的是4号分子的主视图、X、Y方向的分子结构,谢谢老师!

取平均
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发表于 Post on 2022-1-13 13:14:39 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2022-3-31 11:22:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乐平 于 2022-3-31 05:30 编辑
QuantumicGuy 发表于 2022-1-13 03:50
图片左侧贴出的是4号分子的主视图、X、Y方向的分子结构,谢谢老师!

看了你的结果受到一点启发。
我发现你只标记了一部分的环(1,2,3,4,5,或者 1,2,3,4,5,6),似乎是在立体图左侧的那些。

能不能所有的环同时计算呢(比如立体图左侧,和立体图右侧,它们分别在两个倾斜方向不同的平面)?

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发表于 Post on 2022-4-24 12:49:50 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-3-31 11:22
看了你的结果受到一点启发。
我发现你只标记了一部分的环(1,2,3,4,5,或者 1,2,3,4,5,6),似乎是在立 ...

这个double helicene是有对称性的,算一半就可以了。我这里算的是环的NICS(1)zz、NICS(-1)zz(对应表格里的up、down)

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发表于 Post on 2022-4-24 20:15:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乐平 于 2022-4-24 17:15 编辑
QuantumicGuy 发表于 2022-4-24 06:49
这个double helicene是有对称性的,算一半就可以了。我这里算的是环的NICS(1)zz、NICS(-1)zz(对应表格里 ...

感谢回复和讨论!

我有个类似的非平面结构,一直在纠结怎么取平面,看了你的帖子才明白可以取各个小苯环作为小平面来算(之前一直以为必须取结构几何中心的平面)。
另外,我还想问,这些编号 1, 2, 3, 4, 5 的小苯环平面的 Bq 上方以及下方 1 A 距离的 Bq 都在同一个输入文件里一起计算?

再次另外,Sob 老师的原贴里在准备 Gaussian 的 .gjf 输入文件时,写着
建议先别关Multiwfn,因为待会儿还得把算好的Bq点的屏蔽张量输进去。如果关了的话,之后还得重新做上述操作。

对于非平面体系,具有多个苯环的稠环大体系,不可能一直等到计算结束一直不关闭 Multiwfn。既然输入文件里已经有了 Bq 的坐标,Multiwfn 在处理计算结果的时候,能否直接从输出文件(.out)的开头读取 Bq 的坐标信息呢?

以及,
用Gaussian计算此文件,看到NMR部分Bq原子的输出
     37  Bq   Isotropic =    -6.1406   Anisotropy =    25.7238
   XX=     0.0370   YX=    -0.4791   ZX=    -1.2514
   XY=     3.5065   YY=   -23.1631   ZY=     7.3440
   XZ=     7.0901   YZ=   -35.5524   ZZ=     4.7043
   Eigenvalues:   -29.2734    -0.1570    11.0086

切换回Multiwfn窗口,将屏蔽张量依次输入进去:
0.0370,-0.4791,-1.2514
3.5065,-23.1631,7.3440
7.0901,-35.5524,4.7043
(秘籍:想图省事的话,把Gaussian输出文件的屏蔽张量那三行一次性直接粘贴到Multiwfn窗口里也可以)

Multiwfn 能否直接从输出文件(.out)里读取与之对应的 Bq 的屏蔽张量信息呢? 对于稠环的大体系,一个一个手动输入很容易看错或遗漏……  

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-25 02:25:29 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-4-24 20:15
感谢回复和讨论!

我有个类似的非平面结构,一直在纠结怎么取平面,看了你的帖子才明白可以取各个小苯 ...

计算任务可能同时涉及多个Bq,原理上程序难以总是自动正确判断哪个Bq对应哪个环,所以还是得用户自己输入

需要反复输入进Multiwfn里的一批命令可以记在一个文本文件里,每次直接粘贴进窗口里
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本帖最后由 乐平 于 2022-4-25 04:19 编辑
sobereva 发表于 2022-4-24 20:25
计算任务可能同时涉及多个Bq,原理上程序难以总是自动正确判断哪个Bq对应哪个环,所以还是得用户自己输入 ...

谢谢 Sob 老师的回复。

我还是有疑惑
计算任务可能同时涉及多个Bq,原理上程序难以总是自动正确判断哪个Bq对应哪个环,所以还是得用户自己输入

既然可以同时计算多个 Bq,那么 Gaussian 的输出文件(.out)里的结果按理说应该是依照输入文件(.gjf)里 Bq 的顺序依次输出的。

如果不是依次输出的话,我在同一个输入文件 (.gjf) 里设置多个 Bq 的坐标并提交了计算任务,得到结果之后,再手动粘贴屏蔽张量也不可能一一对应上 Bq 呀。换句话说,如果输出文件(.out)里的屏蔽张量不是按照输入文件 (.gjf) 里设置多个 Bq 的顺序输出的话,我怎么知道 .out 里的第一组屏蔽张量对应的是我设置的第一个环的屏蔽张量呢?

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发表于 Post on 2022-4-25 20:13:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 QuantumicGuy 于 2022-4-25 20:14 编辑
乐平 发表于 2022-4-25 10:14
谢谢 Sob 老师的回复。

我还是有疑惑

可以同时算多个,ICSS就是计算一大堆Bq原子(通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性 http://sobereva.com/216)。写好输入文件等算完拿回来用Multiwfn处理。可以用可视化软件(如GaussView)显示原子序号lable,输出文件里Bq原子序号与之对应,这样就清楚的知道算的是哪个位置的NICS了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-26 01:22:34 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-4-25 10:14
谢谢 Sob 老师的回复。

我还是有疑惑

是依次输出的,但是很难确保用户不会做了什么额外的添油加醋的事情(解答大量用户的提问时,发现老有用户做一些匪夷所思的事情)
我觉得手动输入也没什么费劲的,这样也杜绝了额外的可能想象不到的隐患
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发表于 Post on 2025-3-31 18:08:58 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我新下载的Multiwfn,但是输入100后,只显示到23,输入25没有反应(如图一),然后我用24算的平面上下一A的鬼原子的坐标,算完以后用gaussview打开,发现鬼原子之间有连接,七元环上下1A的鬼原子和七元环上的碳原子没有连接(如图二画圈位置),您知道这是怎么回事吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-1 00:07:03 | 只看该作者 Only view this author
wocaishiniu 发表于 2025-3-31 18:08
sob老师好,我新下载的Multiwfn,但是输入100后,只显示到23,输入25没有反应(如图一),然后我用24算的平 ...

25是指主菜单里的主功能25

GaussView根据原子间距离判断成键,不用管
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