本帖最后由 Acee 于 2022-6-7 15:27 编辑
基于docker的CP2K v10.0安装演示(官方教程搬运)
1. 前言
学生最近在学习周期性晶体分子的计算，通过本论坛和其他渠道了解到第一性原理的开源软件cp2k在计算这类体系上比较适用。同时也了解到cp2k安装难的问题。
庆幸的是官方发布了基于docker的CP2K安装方法（此安装方法也适用于以前的cp2k版本，例如v9.1）。故在此转发一下。具体流程如下文所示： “划重点：网上有很多其他的号称简易安装的方法，请大家一定擦亮双眼！！！本教程搬运至官方，一步一步来，绝对是最简单，最方便的，完全免费的方法（引用官方的话：The easiest way to build CP2K with all of its dependencies as a Docker container）。”当前安装的是psmp版本：MPI+OpenMP混合并行，可以单机并行也可以跨节点并行（sob老师的博文中有具体介绍：http://sobereva.com/586）
2. 安装方法
2.1. docker安装
官方给的docker安装教程为： - https://docs.docker.com/get-docker/
docker的安装过程也可以参照菜鸟教程中给的方法链接如下： - https://www.runoob.com/docker/ubuntu-docker-install.html
2.2. 基于官方教程的安装复现
2.2.1. 进入github页面
上一节在linux系统上安装了docker，现在我们来到用docker安装cp2k的github页面。 - https://github.com/cp2k/cp2k/tree/master/tools/docker
先下载cp2k到本地文件夹 2.2.2. 下载cp2k源代码到本地 - git clone --recursive https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k #下载最新版本的cp2k
- git clone --recursive -b support/vx.y https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k #下载指定版本的cp2k, versionx.y，例如v9.1就是9.1版本
运行完如上代码后，我们就可以看到当前文件夹下，有了cp2k的源代码。大概200多MB。 然后进入cp2k/tools/docker 2.2.3. 进入docker文件夹 2.2.4. 安装cp2k 然后依次运行如下命令： - docker build -f Dockerfile.prod_psmp --build-arg GIT_COMMIT_SHA=$(git rev-parse HEAD) -t cp2k_prod_psmp ../../
2.2.5. 测试 - cd ../../benchmarks/QS_single_node
- docker run --shm-size=1g -ti -v "$(pwd)":/mnt cp2k_prod_psmp mpiexec -genv OMP_NUM_THREADS=2 -np 16 cp2k dbcsr.inp
"The number of warnings for this run is : 0"
然后我测试了一个自己的任务，基于DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组，使用GTH-PBE赝势对二硫化钨周期性晶体的XY方向进行单点能计算 - docker run --shm-size=1g -ti -v "$(pwd)":/mnt cp2k_prod_psmp mpiexec -genv OMP_NUM_THREADS=2 -np 16 cp2k WS2.inp 1>WS2.out 2>WS2.err
2.3. 测试结果
如test_results图所示，16个线程，17分钟测试完毕
3. 总结
学生是用cp2k做第一性原理计算的新手，以上内容有不足之处，还望各位老师不吝指点。
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发表于 Post on 2022-5-18 17:58:27
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