石墨烯/环氧树脂体系用RMSD判断平衡问题

张张包 · 发表于 Post on 2022-5-18 21:03:45

各位老师好，请问我在Anneal（NPT）、Dynamics（NPT 2ns）后，将NPT所有轨迹导出，用VMD算RMSD判断体系是否平衡，感觉曲线看起来还行，但后面有波动，比较纠结是否要增加时间继续跑（用笔记本算的，跑的实在太慢了）如果增加时间继续跑，直接在NPT最后一帧接着跑可以吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-18 21:33:07

给出体系截图，说清楚什么程序跑的
跑区区2ns以现在来说也太短了。用GROMACS，像样的游戏本上靠GPU加速一天上百ns轻轻松松

张张包 · 发表于 Post on 2022-5-18 21:50:14

sobereva 发表于 2022-5-18 21:33
给出体系截图，说清楚什么程序跑的
跑区区2ns以现在来说也太短了。用GROMACS，像样的游戏本上靠GPU加速一 ...

老师好，我用的forcite模块，体系里包含交联环氧树脂、PTFE、氧化石墨烯，9994原子，盒子大概47X47X47A，密度在1.2左右

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 22:40:42

这种体系不适合RMSD判断
用密度、某种分子周围其它类型分子中原子数等属性判断，参考下文举一反三
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

张张包 · 发表于 Post on 2022-5-21 16:26:19

sobereva 发表于 2022-5-19 22:40
这种体系不适合RMSD判断
用密度、某种分子周围其它类型分子中原子数等属性判断，参考下文举一反三
谈谈怎 ...

谢谢老师回复。看了您的博文，我考虑用密度、径向分布函数（只放了一片氧化石墨烯，计算氧化石墨烯周围粒子出现概率），氢键数目（氧化石墨烯带有羟基、羧基，交联环氧树脂带有羟基）来表征体系平衡，请问这样是否充分呢？另外我模拟Anneal（NPT 1ns）、NPT(2ns)，体系有点大，而且用的COMPASS力场，请问模拟时间要多少合适？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-22 00:58:40

张张包发表于 2022-5-21 16:26
谢谢老师回复。看了您的博文，我考虑用密度、径向分布函数（只放了一片氧化石墨烯，计算氧化石墨烯周围粒 ...

充分

对于M$用户的计算我不提供意见。在我眼里M$近乎慢到没法用
我只能告诉你要是用GROMACS跑这种体系，起码跑个几十ns，毕竟如今普通计算条件下几个小时就跑完了，怎么都平衡了，因此都根本不需要靠极为有限长度的轨迹谨慎地判断跑平衡没有。

张张包 · 发表于 Post on 2022-5-22 10:15:50

sobereva 发表于 2022-5-22 00:58
充分

对于M$用户的计算我不提供意见。在我眼里M$近乎慢到没法用

谢谢老师回复。

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