第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于8月13~16日于北京举办,是系统性学习分子动力学与GROMACS使用的最佳机会,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 526|回复 Reply: 7

[综合交流] 如何讨论对映选择性的来源?文献用Vbur%论证催化剂紧密故可进行不对称催化

[复制链接 Copy URL]

34

帖子

0

威望

191

eV
积分
225

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-5-19 21:27:39 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
看到一个比较新颖的方法讨论选择性(如图Vbur),文献中这一步计算主要想讨论为什么催化剂IDPi可以进行不对称催化,且具有高选择性。讨论步骤为:中间体INT2进行重排,C=O+与CN结合,IDPi与H结合,在这一步TS2产生选择性(96:4,机理如图2)。抽取TS2-S/R中的Si-IDPi,计算buried volume,平均%Vbur为73.4%,其中SE方向的%Vbur最大。作者认为,IDPi本身紧致的结构,使结合位点受限,故具有选择性。
想讨论下,1.紧密结构跟高立体选择性是正相关的吗,会不会太紧密导致位阻太大不好反应。2.四个方向的紧密程度与进攻方向有关吗,如果紧密决定了只能从某个角度进攻,但这好像说明不了反应的选择性,有可能反应改变进攻方向呢?3.除了RDG等相互作用分析,还有什么可以讨论选择性的来源吗?
先谢谢回复的老师了。

Vbur

Vbur

mechanism

mechanism

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
84403

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-5-19 22:32:20 | 显示全部楼层 Show all
紧密程度提升,有可能降低整体反应速率,但同时提升反应的选择性,选择性和反应难易是彼此独立的。

跑AIMD计算从不同方向进攻的PMF对比差异可能有助于了解配体对选择性的影响。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

34

帖子

0

威望

191

eV
积分
225

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-20 11:15:56 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-5-19 22:32
紧密程度提升,有可能降低整体反应速率,但同时提升反应的选择性,选择性和反应难易是彼此独立的。

跑AI ...

sob老师,我个人感觉图中的IDPi(图2a左上角为idpi结构)本身除了紧密程度之外,有一个类似于空穴的大环,使反应物只能从这里进攻,另一方面IDPi进行质子转移的过程中(IDPI中NH上的H参与),中间体总会形成新的大pi键,可以解释为什么反应能垒较低。这两点说得通吗?

35

帖子

0

威望

191

eV
积分
226

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-7-5 09:54:34 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-5-19 22:32
紧密程度提升,有可能降低整体反应速率,但同时提升反应的选择性,选择性和反应难易是彼此独立的。

跑AI ...

老师,请问%Vbur如何计算g09或Multiwfn能计算吗

35

帖子

0

威望

191

eV
积分
226

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-7-15 11:05:34 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-5-19 22:32
紧密程度提升,有可能降低整体反应速率,但同时提升反应的选择性,选择性和反应难易是彼此独立的。

跑AI ...

社长,Vbur%用哪款计算软件求啊?

35

帖子

0

威望

191

eV
积分
226

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-7-15 11:20:10 | 显示全部楼层 Show all
请问如何求Vbur%

34

帖子

0

威望

191

eV
积分
225

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-15 21:02:22 | 显示全部楼层 Show all

你好,文献中引用的是sambvca这个软件

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
84403

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-7-16 09:06:22 | 显示全部楼层 Show all
火星哥 发表于 2022-7-5 09:54
老师,请问%Vbur如何计算g09或Multiwfn能计算吗

跟Gaussian毫无联系
Multiwfn不支持,因为没什么意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-8-12 02:46 , Processed in 0.656372 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list