如何统计蛋白质的某一段更喜欢运动到在哪一边

azero · 发表于 Post on 2022-5-23 17:07:30

本帖最后由 azero 于 2022-5-23 17:10 编辑

现在有一个蛋白进行了MD，红色loop会运动
想统计红色的loop是喜欢呆在A侧还是B侧
用VMD的Trajectory 和Sob老师的运动轨迹脚本效果似乎都不好
尝试过找一参考点统计距离，效果还是不好
请教该怎么统计。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-24 03:00:28

问题表达必须准确
“VMD的Trajectory”是什么、“Sob老师的运动轨迹脚本”又是什么
最简单的做法，对蛋白质其它部分（不包含红色区域）的骨架原子做align，然后多帧叠加显示，看在两侧的分布密度

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[综合交流] 如何统计蛋白质的某一段更喜欢运动到在哪一边