求助：vmd统计AAP分子周围TPB分子的数目

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-5-23 19:30:02

各位老师好，我想用vmd统计AAP分子周围3埃内TPB分子的数目，统计结果如下：
1  1852
2  1921
3  1849
4  1882
5  1863
6  1826
7  1905
8  1844
9  1848
10  1814
11  1850
12  1806
13  1860
14  1871
15  1910
16  1887
17  1859
18  1882
19  1904
20  1843
21  1895
按理说第二列是分子数，但是通过vmd直接看gro文件，AAP分子周围3埃内TPB分子数应该只有10个左右，这与计算出的结果不符。请问是脚本的原因吗？脚本如下：

set out [open tpbi_num.dat w];
set nf [molinfo top get numframes]
for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
      set atom [atomselect top "same residue as (resname TPB and within 3 of resname AAP)"]
      $atom  frame  $i
      $atom  update
      set com  [$atom num]
      puts $out "$i  $com"
      }
close $out

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-24 03:04:03

先在VMD里直接观看脚本里的选区确保选择语句正确
并且在使用脚本前先对任意一帧手动输入相关命令进行计算，便于搞清楚情况

yangjunfang · 发表于 Post on 2022-5-24 10:44:29

sobereva 发表于 2022-5-24 03:04
先在VMD里直接观看脚本里的选区确保选择语句正确
并且在使用脚本前先对任意一帧手动输入相关命令进行计算 ...

好的，老师

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