第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于8月13~16日于北京举办,是系统性学习分子动力学与GROMACS使用的最佳机会,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 929|回复 Reply: 16

[Gaussian/gview] 请教一下平面结构石墨烯怎么优化

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

111

eV
积分
118

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-5-31 00:16:38 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
100多个原子的平面结构,一优化就弯曲变形,请指教。

5508

帖子

0

威望

3231

eV
积分
8739

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-5-31 00:51:04 | 显示全部楼层 Show all
把完整的输入输出文件贴上来

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
84403

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2022-5-31 07:08:16 | 显示全部楼层 Show all
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html
参考里面的例子,gjf文件都给了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

7

帖子

0

威望

111

eV
积分
118

Level 2 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-31 13:49:48 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-5-31 07:08
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615(http://b ...

好的,感谢社长回复。

1123

帖子

1

威望

2579

eV
积分
3722

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-5-31 14:51:37 | 显示全部楼层 Show all
无衬底的石墨烯确实就不是平的,想要平的可以加对称性约束吧

5508

帖子

0

威望

3231

eV
积分
8739

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-5-31 15:17:35 | 显示全部楼层 Show all
biogon 发表于 2022-5-31 07:51
无衬底的石墨烯确实就不是平的,想要平的可以加对称性约束吧

平衡结构确实是平的吧,只不过(1)优化完全收敛很困难,(2)有限温度下会偏离平衡结构

1123

帖子

1

威望

2579

eV
积分
3722

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-6-1 10:47:45 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-5-31 15:17
平衡结构确实是平的吧,只不过(1)优化完全收敛很困难,(2)有限温度下会偏离平衡结构

MW定理在二维零温下是没问题的,所以零温下小尺寸的片段是平的,但是实际上片段尺寸大了以后也会倾向于不平,不知道为什么

5508

帖子

0

威望

3231

eV
积分
8739

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-6-1 15:22:37 | 显示全部楼层 Show all
biogon 发表于 2022-6-1 03:47
MW定理在二维零温下是没问题的,所以零温下小尺寸的片段是平的,但是实际上片段尺寸大了以后也会倾向于不 ...

尺寸大了不平是实验的结论还是计算的结论?
如果是实验的结论,是不是只是因为实验温度降不到0K?或者因为零点振动?

1123

帖子

1

威望

2579

eV
积分
3722

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-6-2 18:29:15 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-6-1 15:22
尺寸大了不平是实验的结论还是计算的结论?
如果是实验的结论,是不是只是因为实验温度降不到0K?或者因 ...

看不少计算文章得出来的结论,我也算过数百个原子的石墨烯晶胞确实也会出现这种情况

10

帖子

0

威望

139

eV
积分
149

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-6-2 18:46:07 | 显示全部楼层 Show all
sob老师边界加氢了,可能跟这个有关

5508

帖子

0

威望

3231

eV
积分
8739

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-6-2 19:24:19 | 显示全部楼层 Show all
biogon 发表于 2022-6-2 11:29
看不少计算文章得出来的结论,我也算过数百个原子的石墨烯晶胞确实也会出现这种情况

如果是周期体系的话,还有一个因素就是晶胞常数可能很难完全收敛,如果初始晶胞比实际晶胞小一点,而且收敛限不是很严的话,也可能导致石墨烯不是平面的

93

帖子

0

威望

218

eV
积分
311

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-6-2 20:02:03 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-6-1 15:22
尺寸大了不平是实验的结论还是计算的结论?
如果是实验的结论,是不是只是因为实验温度降不到0K?或者因 ...

听说好像是统计物理上Mermin-Wagner定理证明,任何具有连续对称性的二维热力学系统,在非零温下,其连续对称性不可能发生自发破缺,在此基础上二维真空下无限延展的石墨烯不可能是严格平面的。只是听说,我不懂这个

5508

帖子

0

威望

3231

eV
积分
8739

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-6-2 20:42:10 | 显示全部楼层 Show all
snljty2 发表于 2022-6-2 13:02
听说好像是统计物理上Mermin-Wagner定理证明,任何具有连续对称性的二维热力学系统,在非零温下,其连续 ...

“其连续对称性不可能发生自发破缺”,应该证明的是非零温下石墨烯的平均结构肯定是严格平面的吧?
非零温下的瞬时结构肯定是非平面的,不需要这个定理也能证明;零温下是不是平面的靠这个定理没法证明,因为这个定理说的是非零温情形

93

帖子

0

威望

218

eV
积分
311

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-6-2 22:32:40 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-6-2 20:42
“其连续对称性不可能发生自发破缺”,应该证明的是非零温下石墨烯的平均结构肯定是严格平面的吧?
非零 ...

据说这里的“连续对称性”指的是把体系平移任意距离,比如半个单胞的长度,体系依然完全不变,这跟石墨烯不一样。另外据说实验上测到的没有基底的真空的石墨烯也不是平面的,而是在偏离平面的方向有几个纳米级别的波动。我是看 为什么说石墨烯在发现前被认为是不可能存在的? 这里说的。

5508

帖子

0

威望

3231

eV
积分
8739

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2022-6-3 00:41:35 | 显示全部楼层 Show all
snljty2 发表于 2022-6-2 15:32
据说这里的“连续对称性”指的是把体系平移任意距离,比如半个单胞的长度,体系依然完全不变,这跟石墨烯 ...

嗯,我同意在非零温下石墨烯不是平面的。但是我还是觉得(1)不用Mermin-Wagner定理也能证明这个结论,因为非零温下任意微观态都有可能被遍历到,而平面石墨烯对应的微观态数无限小于非平面石墨烯对应的微观态数,所以纯从熵的角度讲,石墨烯也会偏离平面;(2)如果只用Mermin-Wagner定理是无法证明这个结论的,因为Mermin-Wagner定理只是说非零温下石墨烯不可能是二维周期性结构,没说不可能是二维结构,所以石墨烯有可能纯粹以键长变得不等长、或键角偏离120度的方式来破坏周期性,并不是非得偏离平面性才能符合Mermin-Wagner定理。
此外不管怎么讲,这个定理都没有解决零温下石墨烯是否是平面的问题。实验只能在非零温下做,但是计算默认是在零温下算的,所以仅由Mermin-Wagner定理和实验观测结果,并不能说(零温下的)计算也应该得到非平面的结果。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-8-12 01:53 , Processed in 0.437857 second(s), 24 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list