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[Sobtop] Sobtop批量生成使用RESP电荷的GAFF/AMBER拓扑文件

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发表于 Post on 2022-6-4 21:26:55 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Jotaro 于 2022-6-4 21:30 编辑

之前用Gromacs做分子动力学的时候因为小分子种类太多,一个一个保存gjf、mol2然后做拓扑文件太麻烦,就结合论坛前辈的经验写了一个懒人脚本。软件需求:CentOS系统,gaussian、gaussview、Multiwfn、Sobtop、openbabel(非必须)
目前脚本的原理是在CentOS系统中,保存小分子的gjf和mol2文件到sobtop文件夹中,运行脚本后会自动批量gaussian任务、Multiwfn计算resp电荷并重命名chg文件、在Sobtop文件夹下按照Sobtop官网例三来生成小分子的gro、top、itp文件,其中itp文件中的电荷来自前一步计算的resp电荷,最后一步属于非必须选项,是通过openbabel将gro文件转化为pdb文件,适合用packmol构建初始体系的用户。同时所有新生成的文件中残基名会自动替换为文件名的前三个字母。
目前只支持在sobtop文件夹下完成上述操作。
使用前请按照自身需求对脚本代码进行修改。

gtg(dev0.2).sh

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发表于 Post on 2022-6-13 16:01:09 | 显示全部楼层 Show all
太赞啦,谢谢!

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