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[GROMACS] 请问如何理解范德华能和静电能的正负值的意义?

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请问分子间的相互作用能如何理解,我看 使用GROMACS计算分子间相互作用 说的,在gromacs里面,分子间非键相互作用由范德华能和静电能组成,GROMACS中文手册:第四章 相互作用函数和力场  这里说明了范德华能和静电能的计算函数。范德华能对应的是gromacs里面的LJ,静电能对应的是coul?
gromacs计算出来的LJ和coul为负值代表什么?LJ绝对值越大,分子间相互作用越强吗?coul呢?
我看下图LJ代表分子间势能,随着两个分子间距离,LJ变化,请问分子间距离越近代表相互作用越强吗,这时LJ是大于0的吗?LJ小于零的时候代表了什么?
coul的图的值大小则是随着距离的增大而减小,请问coul是不会有负值的吗?但我计算的coul值时小于0的?

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发表于 Post on 2022-6-21 22:23:48 | 只看该作者 Only view this author
先正经学点分子力场的基本知识,诸如看看Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)一书或者参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班,知道分子力场里每一项都描述什么、依赖什么量以什么函数形式计算的,物理意义自然就明白了。

静电作用(库仑作用,Coul)显然可正可负。有点高中物理常识,并且知道什么是原子电荷,不可能不理解。

另建议看下文的基于分子力场讨论分子间相互作用的例子
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-22 10:07:19 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师,培训班开展一定参加

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