计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3525|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的设置问题

[复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

207

eV
积分
229

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
对等能量(NVE)模拟, 缓冲大小由对应于速度(无论由何种合适的方法产生, 或由输入文件提供)的温度来决定. 此外, 容差可以设置为–1, 并手动指定缓冲: rlist > max(rcoulomb, rvdw). 得到合理缓冲大小的最简单方法是: 利用NVT的mdp文件并将目标温度设定为NVE模拟中你希望使用的温度, 然后将grompp打印出的缓冲大小移植到NVE的mdp文件中.
上述是手册里的话,我有这两个疑惑,第一,如何利用NVT的mdp,用grompp输出缓冲区大小。第二,我现在使用的系综应该算是NPT,但是体系中的一个组去除了温度耦合,在这种情况下我该根据什么来设置Verlet-buffer-tolerance或者是rlist才算是合理的?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-6-25 03:07:03 | 只看该作者 Only view this author
永远不要把英文手册里的内容翻译成中文再问,别扭得很

对于当前的版本,根本没必要自己改这个,让程序自动设置就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

22

帖子

0

威望

207

eV
积分
229

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-25 09:24:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-25 03:07
永远不要把英文手册里的内容翻译成中文再问,别扭得很

对于当前的版本,根本没必要自己改这个,让程序自 ...

老师,我看一般都会是默认值Verlet-buffer-tolerance   = 0.005,程序是如何自动设置的?我是在mdp里不写Verlet-buffer-tolerance和rlist,gromacs就会设置成合理的参数么。然后我关注到这个参数的原因是在Verlet-buffer-tolerance= 0.005的时候,我的不控温的组的温度会出现一个骤降,然后改为Verlet-buffer-tolerance=10e-8之后就可以解决问题,所以我想知道一个就是说如何设置是合理的,或者是说我改这个会不会有什么问题。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-6-25 16:53:54 | 只看该作者 Only view this author
lnz 发表于 2022-6-25 09:24
老师,我看一般都会是默认值Verlet-buffer-tolerance   = 0.005,程序是如何自动设置的?我是在mdp里不写 ...

默认情况下,程序根据verlet-buffer-tolerance给定的可接受误差,根据一定关系确定出buffer距离大小,再结合cutoff就间接地得到了rlist值。这种做法一般没问题,但你提到有的组没用控温,也许此时gmx考虑不周到导致问题。
如果你发现那么改可以解决问题,可以那么用。
另外,verlet-buffer-tolerance设-1的时候,rlist会用你自己明确设的值,大于rcoulomb和rvdw的部分就相当于buffer。如果你对gmx自动设的rlist不放心,也可以自己这么明确设置。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

937

eV
积分
940

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2023-9-7 15:53:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-25 16:53
默认情况下,程序根据verlet-buffer-tolerance给定的可接受误差,根据一定关系确定出buffer距离大小,再 ...

老师,这篇文献https://chemrxiv.org/engage/chem ... faeb053dad33a692084中提到了默认的rlist会产生压力不平衡,审稿人提到了这个问题,请问有没有必要修改参数重跑吗?感谢老师!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-9-7 21:19:17 | 只看该作者 Only view this author
zxk 发表于 2023-9-7 15:53
老师,这篇文献https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/64b55faeb053dad33a692084中提到 ...

一家之言
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

1127

eV
积分
1189

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2023-12-4 16:04:01 | 只看该作者 Only view this author
zxk 发表于 2023-9-7 15:53
老师,这篇文献https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/64b55faeb053dad33a692084中提到 ...

哥们我也被问到了一样得问题,想问下你怎么回答得

3

帖子

0

威望

937

eV
积分
940

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2023-12-4 16:43:30 | 只看该作者 Only view this author
CruiseBend 发表于 2023-12-4 16:04
哥们我也被问到了一样得问题,想问下你怎么回答得

我研究的蛋白配体复合物体系,文献中研究的是细胞膜大体系,并且强调了这个问题出现在大体系中。所以认为同样的问题可能不会出现在我的蛋白复合物小体系中。然后审稿人认可了,文章就接收了。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 06:03 , Processed in 0.220480 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list