GROMACS蛋白质-二糖水溶液模拟添加离子时报错

gongrehk · 发表于 Post on 2022-6-25 13:24:39

我用Ligand Reader & Modeler建模生成了海藻糖的pdb文件，然后用gmx insert-molecules插入相应数量的糖分子到蛋白质盒子中，接着溶于水后想添加离子。
执行这个命令（gmx grompp -f ions.mdp）时，GROMACS报出了一下以下两类错误:
ERROR 7 [file treha.itp, line 301]:
No default U-B types

ERROR 8 [file treha.itp, line 322]:
No default Proper Dih. types

即使是用CGenFF生成GROMACS需要的pdb,itp,top和prm文件，然后用gmx insert-molecules插入相应数量的糖分子到蛋白质盒子里进行添加离子的操作，也是一样的错误。

这个意思好像是缺少一些角度和二面角扭曲项的信息。请问有大佬知道该如何解决吗？
非常感谢！

panernie · 发表于 Post on 2022-6-25 15:09:54

指定力场

gongrehk · 发表于 Post on 2022-6-25 16:20:48

panernie 发表于 2022-6-25 15:09
指定力场

您好谢谢您的回答。不过您可以说的具体一些吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-6-25 17:06:36

gongrehk 发表于 2022-6-25 16:20
您好谢谢您的回答。不过您可以说的具体一些吗？

你的itp文件里面设置了一些参数但是没有写具体数值。通常可以不用在itp文件里写具体的数值，因为力场参数的数值可以在力场文件里找到，但是如果itp里没有写数值而且力场文件里也没有就会出错，所以需要使用含有这些参数的力场或者手动把缺少的参数补上。

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-25 23:50:11

检查拓扑文件内容，是否该include的文件没include

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[GROMACS] GROMACS蛋白质-二糖水溶液模拟添加离子时报错

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