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[GROMACS] gromacs 在进行能量最小化时出现一个提示,对后面计算径向分布函数有影响吗

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gromacs 在进行能量最小化时出现两个警告,如果忽略对后面计算径向分布函数有影响吗?  因为后面有一个分组,不知道有没有影响,如果有影响我要怎么处理呢希望大佬解答,万分感谢!

PS:(我这个体系时阴离子+阳离子+ethanol体系,用packmol建的模型,top文件和itp文件都是用的Sobtop软件处理得到的)

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发表于 Post on 2022-6-29 00:53:37 | 只看该作者 Only view this author
mdp里定义了-DFLEXIBLE,但top里的内容完全展开后没有任何地方指定对定义了FLEXIBLE的情况做什么特殊处理,自然会有这个warning。把mdp里此时无意义的-DFLEXIBLE删了就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-29 08:18:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 reddy 于 2022-6-29 08:23 编辑
sobereva 发表于 2022-6-29 00:53
mdp里定义了-DFLEXIBLE,但top里的内容完全展开后没有任何地方指定对定义了FLEXIBLE的情况做什么特殊处理, ...

好的  谢谢   那个原子不匹配那个警告忽略影响后面的径向分布函数吗?   我看见有13300个原子不匹配,我查了一下,说跑md可以忽略,但是分析结果的时候没说可以忽略或不可以忽略

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发表于 Post on 2022-6-29 21:01:45 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2022-6-29 08:18
好的  谢谢   那个原子不匹配那个警告忽略影响后面的径向分布函数吗?   我看见有13300个原子不匹配 ...

原子顺序一致即可,原子名不要求一致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-30 08:35:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-29 21:01
原子顺序一致即可,原子名不要求一致

好的  谢谢社长

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