第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于8月13~16日于北京举办,是系统性学习分子动力学与GROMACS使用的最佳机会,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 240|回复 Reply: 9

[新手求助] 高斯混合基组计算金簇-磷-水结构为什么总是报错?

[复制链接 Copy URL]

716

帖子

0

威望

1584

eV
积分
2300

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-7-4 11:20:09 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
问题:计算一个8个原子的金簇,表面有磷和一个水分子,试图用混合基组优化其结构,但是一开始就报错。
说明:体系计算前,金簇已经用了M062x/lanl2dz顺利优化,P和水分子已经使用了M062x/6-31++G**顺利优化。合成一起,搞成混合基组运算就报错。
附件是生成log文件,谢谢!

Au8-PH4-OPT.log

24.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

410

帖子

0

威望

642

eV
积分
1052

Level 4 (黑子)

易學初階學員

发表于 Post on 2022-7-4 11:37:58 | 显示全部楼层 Show all
感觉是基组没读进去,还有,你用的是gen还是genecp? 赝势有没有加进去?
我记得M06-2X对主族较好,对过渡金属未必最优
峯懸驛路殘雲斷,海浸城根老樹秋。
fʊŋ zuɔn zɪk lu tʰan vun ʔuɔn,huɔi tɛm sɪŋ kɛn lɔu si tʰiu。

716

帖子

0

威望

1584

eV
积分
2300

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 11:46:13 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 lao7 于 2022-7-4 11:47 编辑
chands 发表于 2022-7-4 11:37
感觉是基组没读进去,还有,你用的是gen还是genecp? 赝势有没有加进去?
我记得M06-2X对主族较好,对过渡 ...

我看了文献,许多针对金的用这个。就用了这个。
我用的混合基组:http://sobereva.com/60
链接中的第1个部分:“1 混合基组的输入”,严格按照这个写,为啥还不行。

410

帖子

0

威望

642

eV
积分
1052

Level 4 (黑子)

易學初階學員

发表于 Post on 2022-7-4 11:49:04 | 显示全部楼层 Show all
lao7 发表于 2022-7-4 11:46
我看了文献,许多针对金的用这个。就用了这个。
我用的混合基组:http://sobereva.com/60
链接中的第1 ...

你对Au用什么基组,大部分情况下是要用赝势基组的,请看第6部分,“使用赝势基组”。
峯懸驛路殘雲斷,海浸城根老樹秋。
fʊŋ zuɔn zɪk lu tʰan vun ʔuɔn,huɔi tɛm sɪŋ kɛn lɔu si tʰiu。

341

帖子

1

威望

1773

eV
积分
2134

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-7-4 12:11:29 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 北大-陶豫 于 2022-7-4 12:12 编辑

我看你的关键词是 M062X/gen,如果想对金用LANL等赝势基组、其它原子用全电子基组的话,你这种写法肯定不行。
像楼上说的那样,好好看看“使用赝势基组”部分。用赝势基组的话是既要定义赝势(如何描述内层电子)又要定义对应的赝势基组(如何描述外层电子)的。另外你这个体系为什么是 8个金团簇+一个PH4+一个水,总体带2个正电荷,2重态……有点不知道你想算什么)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

716

帖子

0

威望

1584

eV
积分
2300

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 12:24:19 | 显示全部楼层 Show all
北大-陶豫 发表于 2022-7-4 12:11
我看你的关键词是 M062X/gen,如果想对金用LANL等赝势基组、其它原子用全电子基组的话,你这种写法肯定不行 ...

1、你说的对,要用赝势基组,不能用混合基组写法
2、我想计算金簇表面磷化氢和水分子的反应,理论生成氧化磷化氢(H3PO)。根据之前金簇的描述,本身金带有一个负电荷(Mechanism of the Aerobic Oxidation of Methanol to Formic Acid on Au8: A DFT Study),我这个体系是酸性条件下磷化氢质子化和一个水分子反应,理论生成3个质子;但是考虑到体系中金本身的负电子,所以体系电荷是2.
3、算的是过渡态


341

帖子

1

威望

1773

eV
积分
2134

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2022-7-4 13:22:20 | 显示全部楼层 Show all
lao7 发表于 2022-7-4 12:24
1、你说的对,要用赝势基组,不能用混合基组写法
2、我想计算金簇表面磷化氢和水分子的反应,理论生成氧 ...

我觉得你这个模型还是不太合理。
(1)金原子带的电子数是奇数,所以完全可以适当选取团簇中的金原子数使得体系总电子数为偶数、闭壳层。见:使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 http://sobereva.com/540
(2)你说“酸性条件下磷化氢质子化和一个水分子反应”,照你这么说似乎磷化氢和水一共带1个正电荷,为什么会“理论生成3个质子”。
(3)磷化氢质子化也不合理,一方面磷化氢的碱性比水弱,另一方面磷化氢质子化之后还原性也减弱了。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

410

帖子

0

威望

642

eV
积分
1052

Level 4 (黑子)

易學初階學員

发表于 Post on 2022-7-4 15:04:48 | 显示全部楼层 Show all
lao7 发表于 2022-7-4 12:24
1、你说的对,要用赝势基组,不能用混合基组写法
2、我想计算金簇表面磷化氢和水分子的反应,理论生成氧 ...

我插一句。我不是你这个方向的,但是觉得你说的机理有点怪。你确定是Au8-参与反应吗,具体机理如何?磷化氢无疑是强还原剂,但是还原产物是什么?我知道膦或者氧化膦结构容易与Au配位,但是不知你的体系如何反应。
峯懸驛路殘雲斷,海浸城根老樹秋。
fʊŋ zuɔn zɪk lu tʰan vun ʔuɔn,huɔi tɛm sɪŋ kɛn lɔu si tʰiu。

716

帖子

0

威望

1584

eV
积分
2300

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 19:15:03 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 lao7 于 2022-7-4 19:18 编辑
北大-陶豫 发表于 2022-7-4 13:22
我觉得你这个模型还是不太合理。
(1)金原子带的电子数是奇数,所以完全可以适当选取团簇中的金原子数 ...

1、谢谢!我将把Au原子设置成奇数
2、磷化氢易于质子化,但是酸性条件下,水分子大多数还应该不会质子化(调研了文献,记不住了)。
3、类比于氨水,磷化氢应该性质类似,你可有pka的表格之类的,我一直想检索磷化氢的pka,没有检索到。
十分感谢参与讨论,其实我也是很多猜测,这是发生在电极表面的电化学氧化。金是工作电极、磷化氢与水反应氧化生成氧化磷化氢。

716

帖子

0

威望

1584

eV
积分
2300

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 19:17:00 | 显示全部楼层 Show all
chands 发表于 2022-7-4 15:04
我插一句。我不是你这个方向的,但是觉得你说的机理有点怪。你确定是Au8-参与反应吗,具体机理如何?磷化 ...

这是一个电极反应,发生在金表面的。但是当用金的时候,上述反应表现出选择性催化。我猜测,金与磷结合影响了磷化氢电化学氧化,而磷化氢电化学氧化主要是磷化氢与水反应,金可能改变了反应能垒。就是想验证这个猜测。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-8-12 02:14 , Processed in 0.452005 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list